Самыми характерными чератми правления Батур-хунтайджи и его первого преемника были, во –первых, установление новых форм связи сотрудничества между центором ойратских владений и Джунгарии и ханствами, образовавшимися в Кукуноре и на Волге; во – вторых, стремление к ликвидации междоусобной борьбы и объединению сил владетельных князей для укрепления феодального строя и отражения внешнего угроз; в – третьих, дальнейшее распространение ламаизма, сопровождавшееся усилением влияния церкви, которая превращалась в могущественную экономическую и политическую организацию.
В области внутренней политики Батур-хунтайджи выступил поборником развития на территории ханства собственного земледелия и ремесла, а также строительства очагов оседлости в виде монастырских поселений, добившись в этом деле известных успехов. Наряду с этим Батур-хунтайджи стремился к сохранению мирных взаимоотношений с другими владетельными князьями и к укреплению сотрудничества с ними.
Наиболее важным событием внутренней жизни Джунгарского ханства было принятие монголо – ойратских законов («Цагунин бичиг»), имевших целью укрепить господство феодалов над массой крестьянства, а также объединить ханов и князей для отражения угрозы их политической самостоятельности со стороны маньчжурских завоевателей.
Внешнеполитические цели Джунгарского ханства в рассматриваемое время сводились к борьбе за обладание кыштымами и сбор ясака, с одной стороны, с Русским государством, с другой – Державой Алтын – ханов. Не имея возможности навязать свою волю России, правители ханства выдвинули идеи двоеподданства и двоеданничества, согласно которой обу стороны получали ясак с местного населения. Что касается Алтын –ханов то этой династии в ходе борьбы был нанесен сокрушительный удар, от которого она уже не смогла оправиться и сошла с исторической арены. Но в целом Батур-хунтайджи и его преемник не стремились к военным конфликтам.
В эти годы растет внутренняя консолидация ханства и укрепляется его внешнеполитическое положение.Но именно в это время возникла и стла быстро нарастать угроза со строны маньчжурских феодалов, пришедших в 1644 году к власти в Китаеми образовавши Цинскую династию. Владетельные князья Джунгарского ханства были в Монголии единственными, кто упорно уклонялся от контактов с Цинским правительством. Так сложились обстоятельства, сделавшие войну между Джунгарским ханством и Цинской империей неизбежной.