В начальный период объединения русских земель вокруг Москвы Православная церковь представляла собой большую силу, не только поддерживающую государство, но и соперничавшую с ним. В условиях ордынского ига церковь сумела сохранить свои экономические и политические позиции. Татаро-монголы не собирались обращать Русь в свою веру, и очень скоро православные митрополиты договорились с Ордой, получили от ордынских ханов ярлыки, закреплявшие привилегии Церкви. Тем не менее по мере подъема движения за освобождение русских земель Церковь включилась в борьбу против татаро-монголов.
Церковь в лице митрополичьего дома, епископских кафедр, крупных монастырей и городских соборов обладала огромным имуществом, в первую очередь земельным, выступая в качестве феодала. Вместо десятины, которой она была наделена еще при крещении Руси, церкви в Московской государстве получили иные источники доходов: поступления от определенных статей княжеских доходов - городских торговых, таможенных и судебных пошлин.
Экономическое и идеологическое могущество позволяло церкви чувствовать себя независимой от государства и даже бороться с ним за влияние в обществе. Однако к концу периода московским князьям удалось взять верх. В обмен за сохранение в неприкосновенности ее земельных преимуществ Церковь признала верховенство светской власти.
Противоречивым было отношение Церкви к проблеме централизации Русского государства. Среди церковных иерархов той поры были и горячие сторонники укрепления государственного единства Руси, и силы, оказывавшие упорное сопротивление этому процессу.
В организационном отношении Церковь представляла собой сложную систему. Во главе ее стоял митрополит. В 1448 г. русская Православная церковь стала автокефальной - самостоятельной по отношению к вселенскому патриарху, сидевшему в Византии. Вся территория подразделялась на возглавляемые епископами епархии. До XV в. русские митрополиты назначались константинопольским патриархом. Теперь они стали избираться собором русских епископов сначала по согласованию со светской властью, а потом и по прямому указанию московских великих князей. [2, с. 157]