За время войны производство хлопка упало с 4,5 миллионов тюков (500 фунтов каждый) до 300 000. Лучшие земли были перепрофилированы на производство продовольствия или оставлены запущенными. Законодательные собрания штатов приняли постановления, поощряющие производство зерна и прочих продовольственных товаров. Дефицит продовольствия, возникавший в армиях и городах Конфедерации, в основном был вызван не падением производства, а разрушением транспортной и денежной систем.

Вопрос о справедливых налогах стал одним из краеугольных камней сецессии Юга. Многие годы южане были недовольны установленными федеральным правительством протекционистскими налоговыми ставками в пользу Севера и грабительскими импортными пошлинами. Конституция Конфедеративных Штатов прямо запрещала правительству устанавливать налоги для одной отрасли в ущерб другой. Пошлина на товары, ввезённые из-за пределов Конфедерации и США была установлена в 10 %, а на ввезённые из США — в несколько раз больше. Но на практике эти пошлины почти не собирались.

Денежной единицей Конфедеративных Штатов Америки стал собственный доллар. Почти все банковские запасы золота и серебра были собраны в казначействе Конфедерации и в начале войны ушли в Европу на оплату военных поставок. Выпуск бумажных денег от имени Конфедерации находился под управлением властей штатов. Центральное правительство имело право выпускать только монеты, но нехватка драгоценных металлов привела к тому, что монеты почти не выпускались. Первая эмиссия долларов КША была осуществлена в марте 1861 и с тех пор приобрела неуправляемый характер. Сумма выпущенных долларов увеличилась с $1 млн в июле 1861 до $700 млн осенью 1863. При этом реальная стоимость доллара упала с 90 до 3 центов золотом. Сбережения в долларах обесценились на 90 %. Вслед за падением ценности долларов росла стоимость товаров. Доходы казны сократились в несколько раз. Импортно-экспортные пошлины практически не собирались и единственным источником средств стал выпуск государственных облигаций, которые тоже падали в цене, и в конце войны обеспечивались натуральным товаром, преимущественно — хлопком.