Как уже говорилось, духовенство, точнее церковь, поскольку юридически земля принадлежала патриархии, митрополичьим и архиерейским кафедрами монастырям, выступала как класс феодалов. Церкви принадлежало до 1/3 всех обработанных земель и феодально зависимых крестьян. Кроме того, монастыри вели обширную торговлю, занимались ростовщичеством. Их владения продолжали расти, что представляло уже угрозу для дворянства. В первой половине XVII в. был создан Монастырский приказ для управления церковными землями, и они, таким образом, были поставлены под контроль государства.

Духовенство оформилось в самостоятельное сословие. Оно было освобождено от несения государственной службы и повинностей и от налогов, а также имело свое сословное управление и суд. Духовенство делилось на белое (приходские попы - священнослужители и вспомогательный персонал: дьячки, пономари и т.д. - церковнослужители) и черное (монахи), жившее в монастырях. Белому духовенству разрешалось жениться, но только один раз в течение жизни. Черное духовенство (монахи) давали обет безбрачия. И дело здесь не только в проповеди аскетизма и отречении от мирских забот, но и в том, чтобы не дробились между наследниками-детьми церковные и монастырские земли. Ведущие церковные должности могли занимать только монахи.

Высшим органом церковного управления и суда является московский митрополит, который в 1589 г. был возведен в сан патриарха. Смысл этой акции состоял в том, что если митрополит, хотя бы формально подчинялся константинопольскому патриарху, то с учреждением московской патриархии ее глава - патриарх по своему сану стал равен константинопольскому патриарху. Иными словами, Русская православная церковь становилась полностью независимой (автокефальной) и ее центром и в формально-юридическом смысле становилась Москва. Патриарх, хотя и избирался Поместным собором, состоявшим из высших церковных иерархов, но по традиции восточного православия, шедшей еще с византийских времен, утверждался в своей должности царем. Поэтому учреждение Московской патриархии являлось как бы завершающим актом, утверждавшим суверенитет Русского централизованного государства. Поместный собор и патриарх являлись не только высшими органами духовного суда, но их акты были источниками церковного (канонического) законодательства. Церковному суду подлежало все духовенство и зависимое от церкви население, кроме дел об измене, «душегубстве, татьбе и разбое с поличным». По ряду дел (например, преступления против нравственности, разводы и т.п.) церковному суду подлежали и все светские люди.

Православная церковь фактически осуществляла идеологическую функцию государства, являлась носителем государственной идеологии, поэтому государство всячески поддерживало церковь и материально, и политически, и законодательно. Не случайно во всех судебниках и Соборном Уложении 1649 г. преступления против церкви стояли на первом месте, а уклонения от официальных церковных догм («ереси» - своеобразное диссидентство тех времен), совращение в иную религию государство сурово наказывало. Но в то же время цари ревниво оберегали свою власть от вмешательства церкви. И, когда глава церкви митрополит Филипп (Федор Колычев) попытался выступить против опричнины, то по приказу царя Ивана Грозного он был лишен сана и посажен в тюрьму, где впоследствии и погиб.

Однако в годы «смуты» в начале XVII в. роль церкви существенно возросла. После пресечения царской власти, когда правительство «семибоярщины» открыто предавало интересы народа иностранным интервентам, глава Православной церкви патриарх Гермоген выступил с призывом к возрождению русской государственности. Патриарх Гермоген, репрессированный «правительством национальной измены» и погибший в феврале 1612 г. от голода в подвалах Чудова монастыря, в глазах русских людей того времени являлся национальным героем (наравне с Мининым и Пожарским). Усилению роли церковных властей способствовал и тот факт, что с 1618 г. (после возвращения из польского плена) страной фактически правил отец юного царя Михаила Романова патриарх Филарет, присвоивший себе даже титул «великого государя» (кстати, получивший впервые свой патриарший сан из рук «тушинского вора» - Лжедмитрия II). Последняя попытка поставить власть патриарха выше царской была предпринята в середине XVII в. патриархом Никоном (тоже носившим титул «великого государя»).