В 1882 г. вышла отдельной книгой печатавшаяся сначала в "Русской Мысли" докторская диссертация Ключевского, знаменитая "Боярская Дума древней Руси". В этом своем центральном труде специальную тему о боярской думе, "маховом колесе" древнерусской администрации, Ключевский связал с важнейшими вопросами социально-экономической и политической истории Руси до конца XVII века, выразив, таким образом, то цельное и глубоко продуманное понимание этой истории, которое легло в основание его общего курса русской истории и специальных его исследований. Ряд капитальных вопросов древнерусской истории — образование городовых волостей вокруг торговых центров великого водного пути, происхождение и сущность удельного порядка в северо-восточной Руси, состав и политическая роль московского боярства, московское самодержавие, бюрократический механизм Московского государства XVI — XVII веков, — получил в "Боярской Думе" такое решение, которое отчасти стало общепризнанным, отчасти послужило необходимой основой разысканий последующих историков. Напечатанные затем в 1885 и 1886 годах в "Русской Мысли" статьи "Происхождение крепостного права в России" и "Подушная подать и отмена холопства в России" дали сильный и плодотворный толчок полемике о происхождении крестьянского прикрепления в древней Руси. Основная мысль Ключевского, что причин и оснований этого прикрепления надо искать не в указах московского правительства, а в сложной сети экономических отношений крестьянина-порядчика к землевладельцу, постепенно приближавшей положение крестьянства к холопству, встретила сочувствие и признание со стороны большинства последующих исследователей и резко отрицательное отношение со стороны В.И. Сергеевича и некоторых его последователей. Сам Ключевский в полемику, порожденную его статьями, не вмешивался. В связи с исследованием экономического положения московского крестьянства появилась его статья: "Русский рубль XVI — XVIII веков, в его отношении к нынешнему" ("Чтения московского общества истории и древностей", 1884 год). Статьями "О составе представительства на земских соборах древней Руси" ("Русская Мысль" 1890, 1891, 1892 годов), давшими совершенно новую постановку вопросу о происхождении земских соборов XVI века в связи с реформами Ивана Грозного, закончился цикл крупнейших исследований Ключевского по вопросам политического и социального строя древней Руси ("Опыты и исследования". Первый сборник статей. Москва, 1912 год). Талант и темперамент историка-художника направлял Ключевского и на темы из истории духовной жизни русского общества и его выдающихся представителей. К этой области относится ряд блестящих статей и речей о С.М. Соловьеве, Пушкине, Лермонтове, И. Н. Болтине, Н. И. Новикове, Фонвизине, Екатерине II, Петре Великом (они собраны во 2-м Сборнике статей Ключевского, "Очерки и речи", Москва, 1912 год).