Еще одним препятствием, ограничивающим власть абсолютного монарха, была церковь. Большинство духовенства враждебно относилось к реформам, и это неудивительно – церковь издревле была хранителем русских традиций, которые искоренялись петровскими реформами. Поэтому церковь была причастна к делу царевича Алексея, и отнюдь не на стороне отца.
После смерти патриарха Адриана Петр лишь назначил на его пост исполняющего обязанности – местоблюстителя, а выборы патриарха не провел. В 1721 г. был образован «Святейший правительствующий Синод», или Духовная коллегия, также подчинявшаяся Сенату, фактическим главой которого являлся Феофан Прокопович. Именно он сочинил «духовный регламент» – свод важнейших организационных и идеологических уставлений церковной организации в новых условиях абсолютизма. По регламенту члены Синода присягали как чиновники на верность царю и обязывались «в мирские дела и обряды не входить ни для чего». Церковная реформа означала ликвидацию самостоятельной политической роли церкви. Она превращалась в составную часть чиновничье-бюрократического аппарата абсолютистского государства. Параллельно с этим государство усилило контроль за доходами церкви и систематически изымалась значительная их часть на нужды казны. Эти действия Петра I вызывали недовольство церковной иерархии и черного духовенства и явились одной из главных причин их участия во всякого рода реакционных заговорах.
Петр осуществил церковную реформу, выразившуюся в создании коллегиального (синодального) управления русской церковью. Уничтожение патриаршества отражало стремление Петра ликвидировать немыслимую при самодержавии петровского времени «княжескую» систему церковной власти. Объявив себя фактически главой церкви, Петр уничтожил ее автономию. Более того, он широко использовал институты церкви для проведения полицейской политики. Подданные, под страхом крупных штрафов, были обязаны посещать церковь и каяться на исповеди священнику в своих грехах. Священник, также согласно закону, был обязан доносить властям обо всем противозаконном, ставшим известным на исповеди. Превращение церкви в бюрократическую контору, стоящую на охране интересов самодержавия, обслуживающую его запросы, означало уничтожение для народа духовной альтернативы режиму и идеям, идущим от государства. Церковь стала послушным орудием власти и тем самым во многом потеряла уважение народа, впоследствии так равнодушно смотревшего и на ее гибель под обломками самодержавия, и на разрушение ее храмов.