Еще до реформ середины XVI в. отдельные отрасли государственного управления, а также управления отдельными территориями стали поручаться боярам. Так появились первые приказы учреждения, ведавшие отраслями государственного управления или отдельными регионами страны. В середине XVI в. существовало уже два десятка приказов. Военными делами руководили Разрядный приказ (ведал поместным войском). Пушкарский (артиллерией), Стрелецкий (стрельцами). Оружейная палата (Арсенал). Иностранными делами управлял Посольский приказ, финансами приказ Большой приход; государственными землями, раздаваемыми дворянам, Поместный приказ, холопами Холопий приказ. Были приказы, ведавшие определенными территориями, например, приказ Сибирского дворца управлял Сибирью, приказ Казанского дворца присоединенным Казанским ханством.
Во главе приказа стоял боярин или дьяк крупный государственный чиновник. Приказы ведали управлением, сбором налогов и судом. С усложнением задач государственного управления число приказов росло. Ко времени петровских преобразований в начале XVTII в. их было около 50. Оформление приказной системы позволило централизовать управление страной.
Стала складываться единая система управления на местах. Ранее там сбор налогов поручался боярам-кормленщикам, они были фактическими правителями отдельных земель. В их личное распоряжение поступали все средства, собранные сверх Необходимых податей в казну, т. е. они «кормились» за счет управления землями. В 1556 г. кормления были отменены. На местах управление (сыск и суд по особо важным государственным делам) было передано в руки губных старост (губа округ), избиравшихся из местных дворян, земских старост из числа зажиточных слоев черносошного населения там, где не было дворянского землевладения, городовых приказчиков или излюбленных голов в городах. Таким образом, в середине XVI в. сложился аппарат государственной власти в форме сословно-представительной монархии.
Общая тенденция к централизации страны вызвала необходимость издания нового свода законов Судебника 1550 г. Взяв за основу Судебник Ивана III, составители нового Судебника внесли в него изменения, связанные с усилением центральной власти. В нем подтверждалось право перехода крестьян в Юрьев день и была увеличена плата за «пожилое». Феодал теперь отвечал за преступления крестьян, что усиливало их личную зависимость от господина. Впервые было введено наказание за взяточничество государственных служащих.
Еще при Елене Глинской была начата денежная реформа, по которой московский рубль стал основной денежной единицей страны. Право сбора торговых пошлин переходило в руки государства. Население страны было обязано нести тягло комплекс натуральных и денежных повинностей. В середине XVI в. была установлена единая для всего государства единица взимания налогов большая соха. В зависимости от плодородия почвы, а также социального положения владельца земли соха составляла 400–600 десятин земли.
Военная реформа. Ядро армии составляло дворянское ополчение. Под Москвой была посажена на землю «избранная тысяча» 1070 провинциальных дворян, которые, по замыслу царя, должны были стать его опорой. Впервые было составлено «Уложение о службе». Вотчинник или помещик мог начинать службу с 15 лет и передавать ее по наследству. Со 150 десятин земли и боярин, и дворянин должны были выставлять одного воина и являться на смотры «конно, людно и оружино».