Неотвратимо надвигался конфликт с Казанью. Боевым действиям предшествовала длительная подготовка. На Руси еще со времен Василия II жил татарский царевич Касым, имевший несомненные права на престол в Казани. В 1467г. состоялся первый поход московских полков на Казань. С ходу город взять не удалось, а казанские союзники не осмелились выступить на стороне осаждавших. В довершение всего Касым вскоре скончался.
Ивану Васильевичу срочно пришлось менять свои планы. Почти сразу после неудачной экспедиции татары совершили несколько набегов на русские земли. Великий князь распорядился укрепить гарнизоны в Галиче, Нижнем Новгороде и Костроме и занялся подготовкой большого похода на Казань. Были мобилизованы все слои московского населения и подвластных Москве земель. Братья великого князя возглавили ополчения своих владений.
Согласно замыслу великого князя, основным силам следовало остановиться, не дойдя до Казани, тогда как добровольцы и отряд Даниила Ярославского должны были заставить хана поверить, что главного удара следует ожидать именно с этой стороны. Однако, когда стали выкликать желающих, почти вся рать Беззубцева вызвалась идти на Казань. Пограбив окрестности города, эта часть русских полков попала в трудное положение и вынуждена была с боем пробиваться к Нижнему Новгороду. В итоге главная цель вновь не была достигнута.
В сентябре 1469г. новая московская рать под командованием брата великого князя - Юрия Васильевича Дмитровского - вновь подступила к стенам Казани. В походе участвовала и «судовая рать» (т.е. войско, погруженное на речные суда). Осадив город и перекрыв доступ воды, русские вынудили хана Ибрагима капитулировать, «взяли мир на своей воле» и добились выдачи «полона» - соотечественников, томящихся в неволе.
К концу 1470г. новгородцы, воспользовавшись тем, что Иван Васильевич был поглощен внутренними проблемами, а потом войной с Казанью, перестали платить Москве пошлины и вновь захватили земли, от которых отступились по договору с прежними великими князьями. В вечевой республике всегда была сильна партия, ориентировавшаяся на Литву. В ноябре 1470г. новгородцы приняли князем Михаила Олельковича. Это был так называемый кормленый князь, каких прежде часто приглашали к себе новгородцы, уступая им известные доходы с некоторых своих волостей. В Москве не сомневались, что за его спиной стоял соперник московского государя на Руси - великий князь литовский и король польский Казимир IV. Иван Васильевич полагал, что конфликт неизбежен. Но на протяжении нескольких месяцев, вплоть до лета 1471г., он вел активную дипломатическую подготовку. Благодаря усилиям Москвы Псков занял антиновгородскую позицию.
Главным покровителем вольного города был Казимир IV. В феврале 1471г. его сын Владислав стал чешским королем, но в борьбе за престол у него появился могущественный конкурент - венгерский государь Матвей Корвин, которого поддержали Папа римский и Ливонский орден. Удержаться у власти без помощи отца Владислав не смог бы. Дальновидный Иван Васильевич почти полгода выжидал, не начиная боевых действий, пока Польша не втянулась в войну за чешский престол. Казимир IV не решился воевать на два фронта. Хан Большой Орды Ахмат также не пришел на помощь Новгороду, опасаясь нападения союзника Москвы - крымского хана Хаджи-Гирея. Новгород остался один на один с грозной и могущественной Москвой.
В мае 1471г. был окончательно разработан план наступления против Новгородской республики. Решено было нанести удар с трех сторон, чтобы заставить неприятеля раздробить силы. Стояла страшная сушь, и это делало обычно непроходимые болота под Новгородом вполне преодолимыми для великокняжеских полков. Готовились к походу союзные рати из Твери, Пскова, Вятки, прибывали полки из владений братьев Ивана Васильевича. В обозе ехал дьяк Стефан Бородатый, чье умение говорить по памяти цитатами из русских летописей позже весьма пригодилось при переговорах с новгородцами.
Тремя потоками вошли московские полки в новгородские пределы. На левом фланге действовал 10-тысячный отряд князя Даниила Холмского и воеводы Федора Хромого. На правый фланг был послан полк князя Ивана Стриги Оболенского, чтобы не допустить притока свежих сил из восточных владений Новгорода. В центре, во главе самой мощной группировки, выступил сам государь.
14 июля 1471г. 40-тысячное войско - все, что смогли собрать в Новгороде, - сошлось в битве с отрядом Даниила Холмского и Федора Хромого. Как повествует летопись, « . вскоре побежали новгородцы, гонимые гневом Божиим . Полки же великого князя гнались за ними, кололи их и секли». В плену оказались посадники, у которых был найден текст договора с Казимиром IV. В нем, в частности, были и такие слова: «А пойдет князь великий Московский на Великий Новгород, ибо тебе нашему господину честному королю всести на конь за Великий Новгород противу великого князя». Разъяренный государь московский безжалостно казнил пленных новгородцев, отказываясь от переговоров с прибывавшими из Новгорода посольствами.