Побежденный, но не подчинившийся до конца, Новгород беспокоил великого князя московского. 21 ноября 1475г. Иван Ш прибыл в столицу вечевой республики «миром». «Вятшие люди» - вечевая верхушка во главе с владыкой Феофилом - устроили пышную встречу. Почти 2 месяца продолжались пиры и приемы. Великий князь принимал не только дары от жителей, но и их жалобы на произвол властей. 25 ноября представители Славковой и Микитиной улиц подали ему жалобу на самоуправство высших новгородских чиновников. После судебного разбирательства были схвачены и отправлены в Москву посадники Василий Онаньин, Богдан Есипов и еще несколько человек, все - лидеры и сторонники «литовской» партии. Не помогло заступничество архиепископа и бояр. В феврале 1476г. великий князь возвратился в Москву.

Общество новгородской вечевой республики давно уже разделилось на две части. Одни поддерживали Москву, другие - короля Казимира IV. В феврале 1477г. в Москву приехали новгородские послы. Приветствуя Ивана Ш, они назвали его не «господином», как обычно, а «государем». Подобное обращение выражало полное подчинение, и Иван Ш немедленно воспользовался этим обстоятельством: в Новгород отправились бояре Федор Хромой, Иван Тучкоморозов и дьяк Василий Долматов, чтобы осведомиться, какого «государства» хотят от великого князя новгородцы. Собралось вече, на котором сторонники «литовской» партии обвинили побывавшего в Москве боярина Василия Никифорова в измене. Василий и еще несколько активных сторонников Москвы были убиты. Шесть недель волновался Новгород. Послам было заявлено о желании жить с Москвой «по старине», т.е. сохранить Новгородскую вольность.

Иван Ш не спешил с новым походом. Он понимал, что с каждым днем противоречия внутри новгородского общества будут усиливаться, а число его сторонников станет расти под впечатлением нависшей вооруженной угрозы. Так и произошло. Когда великий князь выступил из Москвы во главе объединенных сил, новгородцы не смогли даже собрать полки, чтобы попытаться отразить нападение. В столице был оставлен молодой великий князь Иван Иванович. По дороге в ставку то и дело прибывали новгородские посольства в надежде завязать переговоры, но их даже не допускали к государю. Когда до Новгорода оставалось не более 30км, приехал сам архиепископ Новгородский Феофил с боярами. Они называли Ивана Васильевича «государем» и просили «отложить гнев» на Новгород. Однако, когда дело дошло до переговоров, оказалось, что послы недостаточно отчетливо представляют себе сложившуюся ситуацию и требуют слишком многого.

Великий князь с войском прошел по льду озера Ильмень и стал под самыми стенами города. Московские рати со всех сторон окружили Новгород. Подходили подкрепления: псковские полки с пушками, братья великого князя с войском, касимовские татары царевича Данияра. Положение в осажденном городе ухудшалось: не хватало продовольствия, начался мор, усилились междоусобные склоки. Наконец, 7 декабря 1477г. на прямой вопрос послов, какого «государства» хочет Иван Ш в Новгороде, государь московский ответил: «Хотим государства своего как на Москве, государство наше таково: вечевому колоколу в отчине нашей в Новгороде не быть, посаднику не быть, а государство нам свое держать как у нас на низовской земле». Новгородской вечевой вольнице был вынесен приговор. Территория собираемого Москвой государства увеличилась в несколько раз. Присоединение Новгорода - один из важнейших итогов деятельности Ивана Ш, великого князя московского и «всея Руси».