Справедливо полагая, что православный народ откажется признать решения Московского собора 1666-1667 годов, его участники постановили проводить их насильственно. Объявленным гонениям участники собора нашли подтверждения в Святом Писании. Историк В. Карташев утверждает, что в этот период «впервые в жизни русской церкви и государства применена была система и дух западной инквизиции». Появление западной инквизиции связано с деятельностью папы Иннокентия III. Этот папа распространил преследования еретиков и инакомыслящих практически на все католические страны. Основными методами работы инквизиции стали доносы, тайные следствия, использование лжесвидетелей, применение пыток и конфискации имущества. В ходе мучительной процедуры аутодафе католическое духовенство от имени Бога и Святой Церкви благословляло наказание осужденных. Приговор приводился в исполнение светскими властями. Восточная, так называемая «православная» инквизиция стало одним из итогов церковной реформы 17 века.
Направленная против древнеправославных христиан инквизиция получила оформление в решениях соборов 1681 и 1685 годов. Распубликованные в виде царских указов постановления устанавливали порядок следствия по делам раскольников, виды пыток и казней. И в католической церкви и в господствующей российской церкви применялись сходные методы наказаний: бичевание кнутом, сожжение в срубе, отсечение головы, расчленение, уморение голодом и пр. Так называемые «Двенадцать статей» царевны Софьи представляли собой адаптированную копию латинских инквизиционных актов.
Законодательное утверждение нашли и финансово-экономические стороны инквизиции: «Поместья их (репрессированных) и вотчины, и дворы, и лавки, и промыслы, и заводы отписывать на себя Великих Государей и продавать по оценке с большой наддачей для того, что по таким сыскным делам на прогоны и посыльным людям в жалованье их Государские денежные казны исходит не малое число». Чтобы у государственных структур не вышло осечки, свой указ о конфискации имущества составил патриарх Иоаким. Отныне все покорившиеся властям священники и епископы должны были «смотреть накрепко, чтобы раскольники не жили в волостях и в лесах, а где объявятся - самих ссылать, пристанища их разорять, имущество продавать, а деньги присылать в Москву».
По мнению историков, число жертв только за первое столетие гонений на старую православную веру исчисляется несколькими десятками тысяч сожженных, уморенных голодом, замученных, обезглавленных, замороженных заживо. Несколько миллионов человек было сослано, заключено в тюрьмы, лишено звания и имущества. Этот своеобразный рекорд репрессий по религиозным мотивам долгие годы оставался не досягаемым. Только в начале двадцатого века его сумели повторить большевики. [1, с. 130]