Большую роль в центральном управлении играли личный секретарь падишаха и особый чиновник, который просматривал его указы. При дворе существовало разведывательное управление, которое возглавлял особый чиновник.
Могольская империя была разделена на 15 областей во главе с наместниками хакимами. В каждую область независимо от хакимов назначались фоуджидары военные начальники, ведавшие военными делами, гомаштысборщики налогов и начальники городовкотвалы.
В Могольской Индии была значительно увеличена численность войск, непосредственно подчинявшихся центральному правительству. Отряды, которые оплачивались из казны, назывались дахили (дополнительными). Особо привилегированные воины, нанявшиеся непосредственно к падишаху, назывались ахади, ими командовал эмир высокого ранга. Наряду с наемными войсками в армии были и крестьянские ополчения.