Еще в начале своего царствования Александр II отменил некоторые стеснительные меры в отношении учебных заведений, принятых императором Николаем I.
Преподавание в университетах получило больше свободы, они стали доступны для вольнослушателей, как мужчин, так и женщин. Однако новизна положения привела в 1861 году к некоторым беспорядкам, после чего свободу университетов пришлось несколько ограничить. В 1863 году был издан устав, согласно которому профессорская корпорация получила самоуправление. Студенты же не получили права влиять каким-либо образом на порядок в университете, что являлось поводом для частых «студенческих беспорядков». Под влиянием таких настроений граф Д. А. Толстой решил осуществить реформу средней школы. В начале царствования императора еще при министре А. В. Головине, доступ в гимназии был открыт для детей всех сословий. Гимназии же были двух типов: классические, с изучением древних языков и реальные, соответственно без них, но с преобладанием естествознания. Граф Толстой, поддерживаемый М. Н. Катковым, в 1871 году составил новый устав гимназии, одобренный государем. Классическая гимназия была сделана единственным типом общеобразовательной и всесословной средней школы, выпускники которой имели право поступления в университет. Реальные гимназии заменили «реальными училищами»; цель их была в том, чтобы давать образование людям всех сословий, но приспособленное к практическим потребностям и к приобретению практических познаний.
Этой реформой было создано полное преобладание классической школы. Но граф Толстой упустил из вида несколько моментов, а именно: из-за отсутствия достаточного количества преподавателей латыни и греческого языка, пришлось выписывать специалистов из-за границы. Естественно, их преподавание не нравилось студентам, так как первые не знали ни русского языка, ни русской литературы.
Таким образом, несмотря на то, что реформа графа Толстого имела в основе правильную идею о значении классицизма, она не вошла в нравы нашего общества. Одновременно с реформой мужской средней школы, реформировалась и женская. До правления Александра II существовали только институты и частные пансионы, в которых обучались в основном дворянки. С конца 50-х годов появляются женские гимназии для всех сословий. Параллельно стали открываться женские епархиальные училища. Через некоторое время успешно разрешился вопрос о высшем женском образовании. Также были сделаны большие успехи в плане начального или народного образования. Но, несмотря на усилия, народная грамотность в эпоху реформ стояла еще на низком уровне.