Участвовал в разработке и проведении важнейших операций Гражданской войны, в частности, предложил план разгрома войск ген. А.И. Деникина путём контрнаступления через Харьков и Донбас. В ноябре 1919 года награждён орденом Красного знамени за участие в организации обороны Петрограда за участие в организации обороны Петрограда и проявленное при этом личное мужество. Знаменитый поезд председателя Реввоенсовета – «летучий аппарат управления» (а также пропоганды) – совершил в 1918 году 36 рейсов протяжённостью 100 тыс.вёрст. Предлагал ЦК использовать разгром армий адмирала А.В. Колчака для похода на Индию, чтобы, подтолкнув революцию в азиатских странах, ускорить крушение мирового империализма. Под таким же углом зрения рассматривал наступление Красной Армии на Варшаву, после его неудачи внёс единственную поправку в прогноз мировой революции: это вопрос не месяцев, а нескольких лет. Гражданская война упрочила популярность Троцкого и его влияние в партийно-государственном руководстве, между ним и Лениным установилась максимальная степень доверия.
В период «передышки» в 1920 году по поручению ЦК разработал тезисы о принципах перехода к мирному хозяйственному строительству, принятые 9-м съездом РКП (б). В марте 1920 года предложил ввести вместо продразвёрстки продналог, что было отвергнуто Лениным и большинством ЦК. Назначенный наркомом путей сообщения, сумел вывести транспорт из критического состояния, этот опыт привёл его к мысли о необходимости дальнейшего развития государственного централизма и милитаризации труда для преодоления разрухи. Вместе с тем принудительный труд («трудовая повинность», мобилизация рабочей силы, создание трудовых армий) рассматривался им как фундаментальная особенность социализма, в отличие от «буржуазного» принципа вольного найма. В конце 1920 года являлся инициатором дискуссии о профсоюзах, в которой выступил против Ленина, но в итогу потерпел поражение; на 10 съезде партии (1921 год) его сторонники не были избраны в ЦК. Однако в 1922 году недовольство некоторыми действиями Сталина и прогрессирующая болезнь заставили Ленина вновь обратиться к Троцкому. Отказавшись занять пост заместителя председателя СНК, который предложил ему Ленин, Троцкий в конце 1922 года выступил на стороне Ленина по кардинальным вопросам национальной политики, монополии внешней торговли, реорганизации высших партийно-государственных органов. Проявил себя твёрдым сторонником НЭПа.
Против Троцкого объединилась «тройка» членов Политбюро (Сталин, Зиновьев, Каменев); после того, как в марте 1923 года Ленин окончательно вышел из политической борьбы, противоречия в руководстве усилились. В письмах в ЦК и статьях в «Правде» Троцкий выступил против линии большинства ЦК на свёртывание внутрипартийной демократии, требовал положить конец «секретарскому бюрократизму». В статье «Новый курс» Троцкий призывал к активации «критической самодеятельности, самоуправления партии», к развёртыванию коллективной инициативы и свободной товарищеской критики, надеясь укрепить собственный авторитет и ослабить позиции «тройки» и её ставленников, однако не сумел противостоять аппаратным интригам Сталина. 13-я партийная конференция (январь 1924 года) заклеймила позицию Троцкого как «прямой отход от ленинизма». Осенью 1924 года в работе «Уроки октября» Троцкий напомнил о позиции Зиновьева и Каменева во время подготовки восстания; в ответ его противники вспоминали борьбу Троцкого с Лениным в дореволюционные годы. Придуманный Зиновьевым термин троцкизм стал применяться как синоним антиленинизма. В результате «единодушного осуждения вылазки Троцкого» в январе 1925 года он подаёт в отставку с постов председателя РВС и наркомвоена и в дальнейшем находился на второстепенных должностях.[7]
Троцкисты всё больше скатывались на антисоветские позиции. Пятнадцатый съезд ВКП (б) в 1927 году указал, что оппозиция окончательно
идейно разорвала с марксизмом-ленинизмом, переродилась в меньшевистскую группу и стала на путь капитуляции перед силами международной и внутренней буржуазии; признал принадлежность к троцкизму несовместной с пребыванием в партии. Съезд одобрил решение ЦК и ВКП(б) от 14 ноября 1927 года об исключении из партии Троцкого. С 1928 года троцкизм перестал существовать как политическое течение в ВКП(б). Шестнадцатый съезд ВКП(б) в 1930 году констатировал, что Троцкий целиком скатился на контрреволюционные меньшевистские позиции; предостерёг против примиренчества к нему. Разгром Троцкого в рядах ВКП(б) сопровождался изгнанием троцкистов из других компартий. 9 пленум ИККИ (1928г.) указал, что принадлежность к троцкизму несовместима с принадлежностью к Коминтерну; это решение было закреплено 6-м конгрессом Коминтерна (1928 г.).