Начиная с XIII в. центральный аппарат империи во главе с императором лишь номинально являлся носителем государственной власти, а фактически находился в руках или под контролем курфюрстов. Его деятельность на местах была в значительной степени парализована реальной властью территориальных князей, постепенно превращающихся в настоящих монархов [9, с.139].
После окончательного установления верховенства римских пап над церковью император утратил положение главы церкви и перестал наделять епископов и аббатов церковными полномочиями. По Вормсскому конкордату 1122 г. духовную инвеституру отныне осуществлял папа, наделявший каноников символами духовной власти. Император мог присутствовать на выборах церковников, но осуществлял только светскую инвеституру — наделял каноника земельным владением с соответствующими вассальными обязанностями.
Избрание императора стало производиться узкой коллегией князей, которая при избрании перестала учитывать права наследников умерших императоров. Таким образом, мог быть избран любой кандидат княжеского рода, угодный коллегии [12, с.124].
Император продолжал оставаться верховным судьей в империи, что было связано с традиционными обязанностями королевской власти поддерживать "мир" и осуществлять правосудие. Однако эта прерогатива императора осталась, по существу, единственной и к тому же постепенно утрачиваемой регалией. Император практически лишился возможности облагать подданных налогами и получал доходы только со своих собственных земель. Если же, в связи с отсутствием наследников, в казну отходили земли вассалов императора, германское право требовало передачи таких земель другим вассалам (принцип "принудительного пожалования леном"). Попытки Фридриха Барбароссы возобновить императорские регалии — права на доходы от использования дорог и рек, от портов, таможен и монетных дворов, а также ввести подушевой и земельный налоги окончились безрезультатно.
Императорская власть не смогла создать систему центральных имперских учреждений и "вырастить" королевскую бюрократию, сравнимых с судебно-финансово-административным аппаратом в Англии и Франции. Империя фактически не имела столицы, казначейства, профессиональной канцелярии, профессионального центрального суда [9, с.141].
После гибели династии Штауфенов в борьбе с папами в Германии с 1250 по 1273 г. не было императора. В этот период междуцарствия были утрачены многие коронные земли и регалии, отошедшие к князьям. В дальнейшем до 1356 года императорский Титул поочередно присваивался представителям многих династий, пока в 1430 году окончательно не закрепился за Габсбургами. Император продолжал оставаться главой государства, олицетворял единство империи, но не имел реальной власти. Он исполнял в основном функции военного и внешнеполитического координатора действий немецких феодалов. Это положение было юридически санкционировано "Золотой буллой" 1356 г., изданной германским императором и чешским королем Карлом IV [3, с.125].
"Золотая булла" закрепила исторически сложившуюся практику, при которой управление Германией фактически сосредоточивалось в руках семи курфюрстов, трех архиепископов — Майнцского, Кельнского и Трирского, а также маркграфа Бранденбургского, короля Чешского, герцога Саксонского, пфальцграфа Рейнского. Князья-избиратели большинством голосов определяли выбор императора. "Золотая булла" подробно регламентировала процедуру выборов императора курфюрстами. При равенстве голосов решающий голос принадлежал архиепископу Майнцскому. Он подавал голос последним, был председателем коллегии курфюрстов и должен был созывать собрание всей коллегии во Франкфурте-на-Майне. Архиепископ Майнцский мог испрашивать заранее согласие других курфюрстов на ту или иную кандидатуру. Булла предусматривала превращение коллегии курфюрстов в постоянно действующий орган государственного управления [2, с.142]. Ежегодно в течение одного месяца должен был проходить съезд коллегии для обсуждения государственных дел. Коллегия имела право суда над императором и его смещения.