Став патриархом, Никон еще больше уверовал в свою исключительность и ожесточился. По свидетельствам современников, Никон имел характер жестокий и упрямый, держал себя гордо и недоступно, называя себя, по примеру римского папы, «крайним святителем», титуловался «великим государем». С первых дней своей архипастырской карьеры Никон стал употреблять анафемы, избиения, пытки и заключения в тюрьму. По мнению Н. Каптерева в «поступках Никона совсем отсутствовал дух истинного христианского архипастырства». Помимо прочего, новый патриарх отличался любостяжанием. По величине дохода Никон мог поспорить с самим самодержцем. Ежегодно патриаршая казна увеличивалась на сумму 700 000 рублей. К архиереям он относился надменно, не хотел их называть своими братьями, всячески унижал и преследовал остальное духовенство. Историк В.О. Ключевский назвал Никона церковным диктатором.
Реформа, предпринятая патриархом, затронула все стороны церковной жизни. Основными ее направлениями стали «исправление» книг, отмена древних форм богопочитания, литургические и канонические нововведения. Реформа началась с так называемой, «книжной справы». Огромный опыт, накопленный Церковью в деле издания и исправления богослужебных книг, в ходе этой «справы» не был использован. Собранные в русских и греческих монастырях тысячи древних рукописей оказались невостребованными. Вместо этого, по указанию Арсения Грека, были приобретены книги западной, преимущественно униатской печати. Одна из главных книг «справы» греческий Евхологион венецианского издания известна многим исследователям и до революции хранилась в Московской синодальной библиотеке. Почувствовав, к чему идет дело, православные работники Печатного двора стали потихоньку разбегаться. Ученые иноки Иосиф и Савватий наотрез отказались от дальнейшей работы. Столкнувшись с церковным неприятием своих замыслов, Арсений Грек и Епифаний Славинецкий решились на фальсификацию. В предисловиях новых книг они сообщили, что тексты «исправлены по образцам старым и харатейным славянским и греческим». Итогом «справы» стала настоящая порча русских богослужебных книг. Они изобиловали вставками из католических молитвенников, богословскими погрешностями и грамматическими ошибками. Более того, «исправленные» издания не только противоречили древним книгам, но и не имели никакого согласования между собой. Профессор А. Дмитриевский, досконально изучивший «книжную справу» патриарха Никона, заявляет: «Все эти издания в текстуальном отношении весьма сильно разняться друг от друга, причем разности между изданиями мы наблюдаем не только в несколько строк, но иногда в страницу, две и больше».
За изменением книг последовали и другие церковные нововведения. Наиболее знаковыми из них были следующие:
¾ вместо двуперстного крестного знамения, которое было принято на Руси от византийской православной церкви вместе с христианством и которое является частью святоапостольского предания, было введено троеперстие имеющее латинское происхождение;
¾ в старых книгах, в согласии с грамматикой славянского языка, всегда писалось и выговаривалось имя Спасителя «Исус»; в новых книгах это имя было переделано на грецизированное «Иисус»;
¾ в старых книгах установлено во время крещения, венчания и освящения храма делать обхождение по солнцу в знак того, что мы идем за Солнцем-Христом. В новых книгах введено обхождение против солнца;
¾ в старых книгах в Символе Веры (8-й член) читается: «И в Духа Святаго Господа Истиннаго и Животворящаго»; после исправлений слово «Истиннаго» было исключено;
¾ вместо сугубой, т.е. двойной аллилуии, которую творила русская Церковь с древних времен, была введена трегубая (то есть тройная) аллилуия;
¾ Божественную литургию в Древней Руси, совершали на семи просфорах; новые «справщики» ввели пятипросфорие, т. е. две просфоры исключили.
¾ вместо монодического знаменного церковного пения по личному желанию царя Алексея Михайловича был введен многоголосный польский партес.
¾ католиков, имеющих обливательное лжекрещение, стали принимать в лоно Церкви без крещения.
Никон и его помощники дерзко посягнули на изменение церковных установлений, обычаев и даже апостольских преданий русской православной Церкви, принятых при Крещении Руси.