С самого начала церковной «реформы» активное участие в ней принял царь Алексей Михайлович. Он не только поддержал все начинания патриарха Никона, но и сам инициировал и контролировал ход событий. Так, во время собора 1658 года, объявившего двуперстие «Несториевой ересью», Алексей Михайлович голосовал за все решения первым. Тем самым он подчинял своему мнению всех остальных участников собора. По мнению современных биографов Алексея Михайловича, царь считал себя помазанником Божиим, имеющим право вязать и решить не только государственные, но и духовные вопросы. После ухода Никона с патриаршей кафедры царь лично подбирал ему преемника, решал судьбу других кандидатов в епископы. Алексей Михайлович внимательно следил, чтобы среди новых архиереев не мог появиться человек твердых православных убеждений. Когда один из рукополагаемых в епископы вместо нового Символа Веры невзначай прочитал древнеправославный, царь нецензурно ругаясь ворвался в алтарь и потребовал остановить хиротонию. Наибольшим доверием царя пользовались духовные лица, готовые полностью повиноваться светской власти. Постепенно среди русских архиеерев не осталось ни одного приверженца древлего благочестия. Престарелые митрополиты Макарий Новогродский и Маркелл Вологодский, не дожив до окончательного раскола, представились к Господу, а на их кафедры были поставлены «архипастыри», ставшие настоящими мучителями и гонителями православных.
Однако, одних только епископских назначений оказалось мало. Основная масса церковных клириков и верующих оказалась верна отеческим преданиям. Для подавления церковного сопротивления царь решил созвать собор. Поскольку новоназначенные русские архиереи не имели в народе авторитета, на это мероприятие должны были приехать представители других восточных Патриархий.
В это время в Москву с подложными грамотами прибыл тайный иезуит Паисий Лигарид. На царском дворе, он представился митрополитом Газы, представителем Константинопольского патриарха. Несколько позже были получены достоверные сообщения, что Паисий Лигарид никогда не был в своей епархии, состоит на службе у римского папы и что восточные патриархи за то низвергли его и прокляли. Профессор Е. Шмурло опубликовал в своих сочинениях переписку Паисия и Ватикана. В ней Лигарид отчитывается в своих миссионерских успехах по совращению православных и клянется что с его стороны «сделано все для возвеличивания и прославления Римской церкви в защиту ее догматов и обрядов». Помимо этого лже-митрополит был известен своими гомосексуальными пристрастиями и торговлей табаком. Впрочем, все это нисколько не смутило царя и его окружение. Наоборот, неправославность и греховность Лигарида делала его человеком послушным и управляемым. Паисий получил беспрецедентные полномочия по организации и проведению собора.
Паисий сразу стал во главе русских церковных дел. Он пообещал царю расправиться с Никоном и заодно «уладить» дело с неприятием церковных реформ на Руси. Понимая ситуацию, Паисий стал созывать на собор лиц под стать себе, которые не стали бы прекословить и выполнили все предписанное. Главными «свадебными генералами» собора стали восточные патриархи - Паисий александрийский и Макарий антиохийский. Оба этих «патриарха» были лишены своих кафедр и запрещены в служении константинопольским партиархом Парфением. Однако ожидание щедрого вознаграждения заставило их прибыть в Москву с подложными грамотами. Другие участники собора оказались не лучше. Все соборные деяния, протоколы и поручения исполнял униат-бизилианин, придворный астролог и модный поэт-комедиант Симеон Полоцкий (Самуил Ситнианович). Примечательно, что протоколы собора Полоцкий вел на смеси русского и польского языков, используя латинский алфавит. Проанализировав участие Симеона Полоцкого в Соборе 1666-1667 годов известный исследователь С. Зеньковский сделал вывод: «Он ни сколько не постеснялся заменять речи царя и митрополита Питирима собственными напыщенными сочинениями и вычеркнул ряд протоколов важных заседаний». Переводчиком и советником восточных патриархов по богословским вопросам стал архимандрит афонского Иверского монастыря Дионисий. Еще до начала собора Дионисий оскандалился гомосексуальными похождениями. Теологические и исторические воззрения Дионисия легли в основу значительной части соборных постановлениях. О русском Православии этот грек держался самого низкого мнения.