Казачество вырабатывало свои формы управления и военного быта, свое военное искусство, создало свою организацию – казацкую республику. Во главе – выборная войсковая рада, которой руководил кошевой атаман. Кошевому атаману подчинялись куренные атаманы или полковники. Остальные были равны.

В Запорожской Сечи были строгие законы. Кошевой атаман был неограниченным предводителем на войне и в походах. Все дела у запорожских казаков решались миром, на раде. Рада избирала кошевого атамана, вершила суд и принимала решения о военных походах. За воровство убивали, за привод женщины в Сечь казнили.

В административно-территориальном отношении Запорожская Сечь делилась на паланки (округа) во главе с полковниками (куренной атаман).

Войсковые и административные органы Запорожской Сечи стали образцом для нового формирующегося государственного аппарата Украины.

В Запорожской Сечи действовали нормы обычного казацкого права. В сохранившихся документах украинских гетманов неоднократно упоминались статьи «Права и обычаи Войска Запорожского». Обычное казацкое право прежде всего устанавливало военно-административный порядок. Также в обычном праве устанавливался порядок владения землей, порядок купли-продажи движимого имущества, порядок ведения дел по отдельным преступлениям и наказаниям.