Еще в XII веке возникает деление класса феодалов на наиболее привилегированную его группу, непосредственных вассалов военных правителей-сёгунов и вассалов других феодальных владельцев, храмов и монастырей. Пытаясь расширить свою социальную базу, сёгун создает мелкопоместное ленное дворянство, которое становятся главной опорой в его борьбе с крупными феодалами за упрочение центральной власти.
Важные социальные сдвиги происходят в Японии в XVXVI вв. Рост ремесла и торговли, развитие городов приводят к созданию местных рынков, окончательному утверждению крупных, экономически более сильных феодальных хозяйств владетельных князей (даймё, букв. "большое имя"). Даймё лишь номинально признавали власть центрального правительства, вели бесконечные междоусобные войны. Они почти повсеместно ликвидировали поместья своих вассалов-самураев, поселяли часть из них в своих замках и обеспечивали их рисовыми пайками.
Мелкое самурайское землевладение, частично сохранившееся, было нестойким; самураи разорялись, закладывали свои земли ростовщикам. Обедневшие самураи пополняли армию ронинов (бродячих самураев), потерявших в междоусобных войнах свои владения, тот фактически деклассированный социальный слой, который часто выступал вместе с крестьянами против засилия ростовщиков, богатых храмов, крупных феодальных владельцев.
Начало второго периода развития феодального государства в Японии совпадает с возникновением в XII веке своеобразной политической формы японского феодального государства сёгуната, при котором вся политическая власть как в центре, так и в значительной мере на местах сосредоточивается в руках одного из крупнейших феодальных домов. Это военнофеодальная диктатура сильнейшего в экономическом, военном и политическом отношении феодального рода, опиравшаяся на самураев военнослужилое дворянство, при которой номинально сохраняется значение императорской власти.
И раньше отдельные феодальные дома отстраняли императора с политической арены, но в конце XII века впервые был создан правительственный аппарат бакуфу (букв. "полевая ставка великого полководца сёгуна").
В XIII веке сёгун присвоил себе право утверждать императора, определять порядок престолонаследия, назначать регентов и других высших придворных советников.
Центральный аппарат бакуфу состоял из главной административной палаты, ведавшей законодательством главной военной палаты, особого органа, ведавшего самурайским сословием, и главной судебной палаты.
Относительно большая степень независимости центрального правительства бакуфу в период феодальной раздробленности в Японии по сравнению с феодальной Европой одна из специфических черт японской феодальной государственности.
Во все провинции назначались военные губернаторы. Они следили за выполнением повинностей в пользу центрального правительства, командовали местными гарнизонами, в их руках была вся судебная и полицейская власть на местах. Они были глазами сёгуна, бдительно следящими за любыми проявлениями антибакуфских настроений.
Пресечение антибакуфских настроений среди знати поручалось особой коллегии правительственных докладчиков, состоящей из 10 человек.
С конца XVI века в Японии начался процесс централизации страны. Росли ремесло и торговля. Несмотря на феодальную регламентацию и ограничения, в Японии стали возникать первые ростки капиталистической промышленности в виде домашнего крестьянского производства, подчиненного купцам. Складывался единый национальный рынок. Наряду с экономическими причинами существовал и ряд политических условий, ускоривших объединение страны. XVI век был временем непрерывных антифеодальных восстаний, крайнего обострения социальных противоречий, что побуждало наиболее дальновидных представителей господствующего класса к созданию сильной центральной власти, направленной на укрепление феодальных порядков. Средние феодалы видели в усилении центральной власти средство защиты от крупных феодалов, мелкие средство обеспечить за счет нее свое существование.