В XVI веке в Японию проникают первые европейцы и угроза потери политической независимости также диктовала необходимость объединения.
Процесс объединения страны особенно усилился в период третьего сёгуната дома Токугава. Объединение Японии сопровождалось подавлением непокорных феодалов, более строгим прикреплением крестьян к земле.
В Токугавской Японии существовали четыре сословия: самураев "буси" (си), к которым относились феодальные князья дайме, собственно самураи и придворная аристократия "куге", крестьяне "номин" (но), ремесленники "сюкогёся" (ко) и торговцы "сёнин" (сё). На вершине этой сложной иерархической системы находился дом Токугава.
Военной опорой сёгуната были самураи, входящие в княжеские войска и получавшие за это рисовый паек или земельные угодья.
Самураи, которым запрещались все виды деятельности, кроме военной, превратились в замкнутое военно-дворянское сословие.
Крестьянин в Японии был традиционным "владельцем земли, пользующимся ею на правах вечной аренды, за что он и должен был платить налоги и выполнять повинности в пользу государства и феодала. Вместе с тем японский крестьянин в это время был крепостным, ибо ему было запрещено переходить от одного феодала к другому, свободно передвигаться по стране, выбирать себе род занятий.
Во главе государства стоял сёгун полководец. Особая роль военной силы в Японии объяснялась непрекращающимися сепаратистскими движениями, необходимостью сохранять ту непрочную централизацию, которая была достигнута при третьем сёгунате.
При бакуфу был создан разветвленный бюрократический полицейский аппарат. В стране существовал особый слой самураев хатомото, из которых комплектовался учетный, налоговый и административный аппарат сёгуна, находившийся в его непосредственном подчинении.
В ведении высших правительственных чиновников родзю (старейшин, министров), составлявших правительство сёгуна, находился императорский двор, государственные финансы, предоставление земельных владений, сношения с иностранными государствами и др. Иногда устанавливалась должность главного регента или главного министратайро. Ниже родзю стояли младшие старейшины, их помощники по всем делам управления. Многие должности передавались по наследству.
Токугавская Япония была полицейским государством, в котором жестоко преследовались любые проявления антиправительственных настроений. Одним из средств укрепления власти сегуната была система заложничества (санкиннотай), окончательно закрепленная законом в 1635 году, при которой все даймё должны были попеременно проживать в доме сёгуна, а возвращаясь в свои владения, оставлять в Эдо. (столиц сёгуната) свои семьи. Для наблюдения за императорским двором был назначен особый наместник сёгуна Киото сёсидай.
Особая система сыска ("мэцкэ сэйдзи", мэцкэ букв. "прикрепленный глаз") осуществляла негласный полицейский надзор за чиновниками и всем населением страны. Ее возглавляли полицейские инспекторы омэцке, следящие одновременно и друг за дpуroм. Омзцке проникали в дома дайме и даже в дом императора. Передвижение в стране было регламентировано строгой системой пропусков.
Для надзора за крестьянами и прежде всего для сбора с них налогов была установлена должность дайкана, заместителя начальника финансового департамента. Им в свою очередь подчинялись старосты деревень (сея). В городах помимо назначавшихся градоначальников существовали советы крупных торговцев, но система городского самоуправления не получила сколько-нибудь заметного развития в Японии.