Тем временем Германия в феврале 1939 г. отказалась гарантировать чехословацкие границы и поощряла сепаратистские устремления Словацкой народной партии. В результате конфликта с центральным правительством автономное словацкое правительство было распущено, и в Словакии было введено военное положение. 13 марта Йозеф Тисо по требованию Гитлера объявил Словакию «независимым государством». В Берлин был вызван президент Э. Гаха. Там он подписал ультиматум о вручении судьбы Чехословакии в руки Рейха. 14 марта Венгрия оккупировала всю Закарпатскую Украину. 15 марта немецкие войска оккупировали Чехию. Она вошла в состав Германии в качестве «рейхспротектората Богемия и Моравия». Рейхспротектором БиМ был назначен бывший мид Германии (в 1932-38 гг.) Константин фон Нейрат – с 1939 по 1943 гг. Словакия объявлялась «независимой республикой» во главе с профашистским режимом Й. Тисо. Она была взята «под охрану» Германией. Чехословацкое государство перестало существовать. Великобритания и Франция выразили устный протест.

Э. Бенеш в эмиграции в Париже возглавил Чехословацкий Национальный комитет в 1939-40 гг., после капитуляции Франции он переехал в Лондон. Там было образовано чехословацкое национальное правительство в эмиграции. В июле 1940 г. Э. Бенеш был снова избран президентом ЧСР (до осени 1948 г.).