Положение осложнилось, когда влюбленная царевна потребовала, чтобы он развелся с женой. Голицын оказался на распутье. По словам того же де Невилля, князь «не мог решиться на удаление жены, во-первых, как человек благородный, во-вторых, как муж, имеющий за нею большие имения». Наконец Голицын начал уступать, да и любящая жена соглашалась уйти в монастырь, чтобы не погубить карьеру супруга.
Слухи о будущем браке просочились в московский «высший свет» и вызвали всеобщее осуждение. Говорили даже, что царевна с фаворитом хотят погубить Ивана и Петра, основать новую династию и обратиться в «латинскую веру», то есть католичество, – многим были подозрительны их симпатии к Западу. Тогда Софья решила отправить возлюбленного в поход против Крымского ханства. Вернувшись победителем, он мог завоевать симпатии общества и руку правительницы. Это решение стало роковым. Первый поход 1687 года оказался неудачным – татары подожгли степь, отравили колодцы, и войску, страдавшему от голода и жажды, пришлось отступить.
Второй поход весной 1689 года закончился таким же провалом. На этот раз стотысячная русская армия дошла до Перекопа, простояла там две недели и ни с чем вернулась обратно. Во всем винили Голицына, который якобы получил от крымского хана два сундука золотых монет, да и те оказались фальшивыми.
Вероятно, это ложь – просто дипломат оказался никуда не годным полководцем. В этих условиях Софья решила, что Василию Голицыну лучше на время уехать из столицы. Но чувства опять оказались сильнее царского долга. Она не захотела снова расставаться с любимым. Провал крымской кампании Софья пыталась превратить в победу, велев служить по всем церквям молебны в честь Голицына.
Юный царь Петр симпатий своей старшей сестры не разделял. Он отказался принять вернувшегося из похода Голицына – «негоже холоп службу справил». В скором времени Петр должен был достичь совершеннолетия и стать полновластным монархом. В этом случае жизнь Голицына – да и Софьи – оказалась бы под угрозой. Однако мягкий, нерешительный князь отказывался пойти на крайние меры. На помощь царевне пришел другой ее фаворит – окольничий Федор Шакловитый, новый командир стрельцов. Он не раз предлагал Софье извести «старую медведицу» – то есть Наталью Кирилловну, «а если сын станет заступаться, то и ему спускать нечего». Царевна не решилась пролить кровь брата, но верность Шакловитого оценила. Скоро он уже не только дневал, но и ночевал в ее покоях. Голицын терпел – быть может, даже втайне радовался передышке в надоевшем романе.
Развязка наступила в августе 1689 года, А пока обе стороны копили силы. Петр тренировал в Преображенском свои «потешные полки», ставшие к тому времени настоящим войском. Софья и ее сторонники уговаривали стрельцов снова подняться против Нарышкиных. При этом использовались изощренные провокации: какой-то родственник Шакловитого, одевшись как дядя Петра Лев Нарышкин, разъезжал по городу и избивал стрельцов, крича: «Это вы мою родню порешили, собаки!»
Однако поначалу все усилия были безрезультатными. Прошлый бунт не слишком улучшил положение стрельцов, да и правление Софьи с Голицыным не радовало – ни походов, ни военной добычи. Только когда из Преображенского стали доходить слухи, что «потешные» идут на Кремль, стрельцы начали готовиться к обороне.
Узнав об этом, семнадцатилетний Петр испугался – он хорошо помнил ужасы первого мятежа. Среди ночи, бросив мать и беременную жену, Петр в одной сорочке ускакал верхом в Троице-Сергиеву лавру. Там его взял под защиту патриарх Иоаким, который не любил Софью за прозападные симпатии (знал бы он, что учинит потом в России сам Петр). Постепенно в лавру съехались сторонники Нарышкиных, а также «потешные» с пушками и пищалями.
И пока Софья с Голицыным сидели сложа руки, Петр переманивал на свою сторону все новых приверженцев. Два стрелецких полка с развернутыми знаменами приехали в лавру и поклялись царю в верности.
Софья пыталась удержать остальных стрельцов, говоря им: «Если пойдете к Троице, здесь останутся ваши жены и дети». Но ни угрозы, ни щедрые обещания не действовали – полк за полком уходили к Петру. Оставшиеся в Москве стрельцы потребовали, чтобы царевна выдала им Шакловитого, и тут же казнили своего командира. На следующий день к Софье приехал боярин Троекуров с царским приказом: отказаться от власти и отбыть в Новодевичий монастырь на вечное жительство. Василия Голицына вместе с семьей сослали в далекий северный Каргополь, где он и умер в 1714 году. Перед тем, как он уехал, царевна смогла передать любимому деньги и последнее письмо, но увидеться с князем ей было больше не суждено. Софья не имела права покидать монастырь, но продожала жить по-царски, окруженная многочисленной свитой. Морить ее голодом младший брат явно не собирался. Ежедневно Софье присылали огромное количество еды: рыбу, пироги, баранки, даже пиво и водку.