Но, несмотря на переход отдельных частей на сторону самозванца, большая часть донских казаков не поддержала его. Поражение под Царицыном окончательно решило судьбу Пугачева. Остававшиеся до этого верными ему яицкие казаки выдали своего предводителя правительству.
Жестокие пытки сломили волю Пугачева, а суровый приговор — четвертование — вновь напомнил о временах Разина. Единственное снисхождение к судьбе поверженного противника — это приказание палачу сначала обезглавить преступника и уже мертвому отрубить руки и ноги, тем самым уменьшив страшные муки.
И теперь еще есть записи стариков, которые видели эту казнь и сохранили живое воспоминание о последних минутах злодея, так долго ужасавшего их. Им казалось, что голос его был страшен даже тогда, когда он, стоя на эшафоте, должен был отвечать на вопросы исполнителей приговора и громко перед всем народом объявить, что он беглый донской казак Зимовейской станицы Емелька Пугачев. После нескольких земных поклонов золотоверхим соборам и церквам московским Пугачев поклонился на все стороны и сказал: «Прости, народ православный, отпусти, в чем я согрубил пред тобою…прости, народ православный!»
Это были последние слова преступника. Через несколько мгновений его не стало, но воспоминания о нем (не смотря на то, что Екатерина II и ее окружение постарались уничтожить саму память о самозванце. Его семье запрещено было носить фамилию Пугачева, дом в Зимовейской станице был сожжен, пепел развеян, место огорожено, сама станица перенесена на другой берег Дона и переименована в Потемкинскую. Даже река Яик переименована в реку Урал, Яицкий городок — в Уральск, а Яицкое Казачье войско — в Уральское) еще долго пугало не только детей, случайно видевших его, но даже и взрослых, и слово «Пугачевщина», означая время его страшного бунта, всегда будет выражать одну из ужаснейших эпох отечественной истории.