Судебные процессы, конфискации, пытки и казни совершались по всей территории московского государства. Однако, первые удары инквизиторского молота были нанесены по монастырям - оплотам православия, хранителям священных традиций, центрам христианской культуры. Одна из самых кровопролитных расправ свершилась в Соловецкой киновии, обители просиявшей целым сонмом святых иноков и чудотворцев. Этот крупнейший на севере Руси общежительный монастырь вместе со многими другими монастырями и скитами русской Церкви отказалась принять новые книги. Соловецкие старцы решили продолжать службу Божию по старопечатным дониконовским изданиям. Они написали государю в течение нескольких лет пять челобитных, в которых умоляли царя только об одном: разрешить им оставаться в прежней вере неизменно. Соловецкие иноки были твердо убеждены, что измена старой вере означала измену Церкви и Самому Богу. Поэтому они писали: «Лучше нам временною смертью умереть, нежели вечно погибнуть. И если нас предадут огню и мукам или на части рассекут, мы и тогда не изменим апостольскому преданию во веки». По их слову все и случилось.
В ответ на просьбы и мольбы смиренных иноков царь послал в Соловецкий монастырь войска, чтобы силою заставить старцев принять новые книги. Иноки затворились в обители за толстыми каменными стенами. Царские войска осаждали Соловецкий монастырь почти восемь лет, с 1668 по 1676 г. Наконец, в ночь на 22 января 1676 г., в результате предательства одного из братии, нового иуды, отворившего тайный ход, стрельцы во главе с воеводой Мещериновым ворвались в обитель, и началась страшная расправа с насельниками монастыря.
Было замучено до 400 человек: одних повесили, других порубили на плахах, третьих утопили в проруби. Были и такие, которых вморозили в лед, или подвесили, подцепив за ребра крючьями. Вся обитель была залита кровью святых страдальцев. За это деяние царь Алексей Михайлович получил мзду от Всемогущего Господа Бога - через несколько дней после разорения обители он скончался в страшных муках. Ни молитвы патриарха, ни молебны всего священного синклита не могли спасти его или хотя бы ослабить страдания. Тела же казненных иноков, оставленные непогребенными для устрашения местных жителей, оказались нетленными. Они пролежали на острове все лето и ни звери, ни насекомые не коснулись их.
Не менее жестокая расправа состоялась в древнем Палеостровском монастыре. После первого неудачного штурма началась осада святой обители. Через несколько месяцев, усиленное «прибавочными стрельцами», войско ворвалось в киновию. Разозленные непреклонностью иноков и длительностью осады, получившие приказ «приступать без милости», солдаты развернули орудия и стали расстреливать центральный храм, в котором продолжалась служба поста Рождества Христова. Вскоре церковь загорелась, а вместе с ней запылали и все остальные постройки.
Монастыри и скиты, не имевшие высоких стен и башен, быстрее становились добычей новолюбцев. В Ниловой пустыни иноки продолжали службу по древним книгам и согласно уставу, составленным основателем монастыря преподобным Нилом Сорским. Более 10 лет власти не знали об этом. Но пришел черед и этой пустыни. Новый священник привез «исправленные» книги, приказал отбросить древний устав и начал служить по-новому. Соборные старцы собравшись на совет, отказались молиться с ним. В ход пошли испытанные меры - через несколько дней в обитель прибыл пристав с солдатами. Но и на этот раз иноки отказались подчиниться. «Покажи дерзновение, возбрани служить по новому, а мы тебя не поддадим» - молили старцы церковного пономаря, будущего святого подвижника Корнилия. Во время службы Корнилий оказал дерзновение и не разрешил попу читать кощунственные молитвы. Пристав и его люди бросились избивать преподобного. С большим трудом старцам монастыря удалось спасти Корнилия от неминуемой расправы. После этого всем православным монахам пришлось бежать из Ниловой пустыни.