Осенью 1593 года Сигизмунд вернулся в Польшу. В его отсутствие управление Швецией возлагалось на герцога Карла и совет. На местах же Сигизмунд оставил своих наместников, которые не были подотчётны шведскому правительству. Герцог Карл и члены государственного совета были против этого, так как полагали, что шведское правительство должно обладать всей полнотой власти в стране. Карл считал к тому же, что он должен управлять страной в качестве регента.

Однако члены государственного совета не были готовы заходить столь же далеко в своих требованиях к Сигизмунду, как герцог Карл. В правительстве возникли противоречия, которые постепенно привели к полному разрыву между герцогом Карлом и государственным советом. Тогда он обратился за поддержкой к сословиям. Вопреки категорическому запрету Сигизмунда , он созвал в 1595 году риксдаг в Сёдерчёпинге, который предоставил ему полномочия управлять государством в качестве регента, руководствуясь «советом совета».

Существовавшие ранее разногласия между Сигизмундом и шведским правительством (герцогом Карлом и дворянством совета) переросли в противоречия между герцогом Карлом и сословиями, с одной стороны, и Сигизмундом и большей частью шведского государственного совета – с другой. Причина перехода государственного совета на сторону Сигизмунда заключалась в том, что, выбирая между единовластным регентом, в которого, как опасались, превратится Карл, и союзным королём, находившимся в Польше и имевшим ограниченную власть в Швеции, они предпочли последнего, хотя он был католиком.

Сигизмунд и его сторонники ( особенно наместник в Финляндии Клас Флеминг) решили покончить с герцогом Карлом. В связи с начавшейся борьбой некоторые члены совета бежали в Польшу. После нескольких стычек произошло решительное сражение при Стонгебру у Линчёпинга, после которого Сигизмунд был вынужден заключить договор о перемирии (1598). По договору, он обещал прибыть в Стокгольм и созвать риксдаг, а в будущем править, руководствуясь королевской присягой. Помимо этого, он выдал герцогу Карлу тех членов государственного совета, которые бежали в Польшу.

Однако Сигизмунд не выполнил условий договора и отплыл в Польшу, после чего риксдаг отстранил его от власти в Швеции (1599). Герцог Карл стал теперь единовластным правителем Швеции и начал жестоко мстить представителям высшего дворянства и других групп населения, которые приняли сторону Сигизмунда в борьбе за власть. В 1600 году он заставил собрание сословий приговорить некоторых своих врагов к смертной казни, например членов государственного совета Туре Биельке, Эрика Спарре, а также Стена Банера (так называемая «Линчёпингская кровавая баня»).

Несколько лет спустя (1604) Карл счёл, что настало время принять титул короля Карла IX.

Было также принято решение, что корону будут наследовать его потомки. В 1607 году Карл был коронован с пышными церемониями, а двумя годами позже он совершил свою эриксгату, сопровождаемый королевой и сыновьями. Он станет последним королём, совершившим эриксгату по старым обычаям.

Как видно, Швеция, в связи с внутриполитической борьбой между Сигизмундом и Карлом, не могла более продолжать вести военные действия против России и искала мира. 18 мая 1595 года был подписан Тявзинский мирный договор, который гласил: 1) быть вечному миру между Швециею и Россиею; 2) первой спокойно владеть Нарвою, Ревелем и всем Чухонским, или Эстонским, княжеством; 3) России не помогать врагам Швеции, а Швеции врагам России, ни людьми, ни деньгами; 4) пленных освободить без окупа и без размена; 5) лапландцам остерботнийским и варангским платить дань Швеции, а восточным (Кольским и соседственным с землею Двинскою) России; 6) шведам торговать свободно в Москве, Новегороде, Пскове и в иных местах: также и россиянам в Швеции; 7) в кораблекрушении и во всяких бедственных случаях усердно оказывать друг другу взаимную помощь; 8) послам московским вольно ездить чрез шведские владения к императору, папе, королю испанскому и ко всем великим государям европейским или их послам в Москву: также и людям торговым, воинским, лекарям, художникам, ремесленникам.

Швеция стояла в очень затруднительном положении: с одной стороны необходимость союза с Россией против Польши, с другой претензии на некоторые русские земли. Но всё же выбрала первое, так как лучше иметь хорошего союзника против того с кем недавно воевал за шведский трон, чем ещё одного врага.