Начавшаяся перестройка в СССР поколебала позиции коммунистов по всей Восточной Европе, в том числе и сербских. В такой обстановке лидер союза коммунистов Сербии С. Милошевич начал использовать национализм для упрочения своего положения в республике, для реабилитации компартии в глазах сербского населения. Эксплуатируя ущемленные национальные чувства сербов, Милошевич приложил много усилий, чтобы выставить свою парию в роли главного защитника сербских интересов в Косово. Это ему во многом удалось. Одно время в Сербии даже начал складываться своеобразный культ Милошевича.
В конце 1988г. Милошевичу с помощью в значительной степени инспирированных демонстраций и митингов протеста против бюрократии удалось заменить руководство в Воеводине и Черногории на своих ставленников. Аналогичные попытки делались в Боснии и Герцеговине. Направляемый Милошевичем великосербский бум, усилившееся влияние Сербии в Югославии обеспокоило руководство двух наиболее развитых республик – Словении и Хорватии. В Словении открыто встали на защиту албанского национально-сепаратистского движения. Попытки Милошевича направить в конце 1989г. в Любляну 100 тыс. сербов для проведения там «митинга истины» о положении дел в Косово была расценена как еще одна попытка дальнейшего расширения сербского влияния. Словенские службы безопасности не допустили проведения митинга, что привело к бойкоту словенских товаров со стороны Сербии. Таким образом в 80-е гг. правительство перестало даже стремиться к сохранению Югославии как единого государственного целого. На первое место вышла борьба за власть. Теперь уже ничто не могло помешать обострению национальных отношений и распаду Югославии.
Окончательный разрыв между республиками произошел на 14 чрезвычайном съезде СКЮ, начавшем свою работу в январе 1990г. После того, как сербское большинство съезда отклонило требование словенской делегации о реорганизации партии на конфедеративных принципах, депутаты от Словении отказались продолжать работу и покинули съезд. Без словенских коммунистов не захотели продолжать работу и депутаты от Хорватии и Боснии и Герцеговины. На съезде был объявлен перерыв, но свою работу он так никогда и не возобновил. Крах единой общеюгославской коммунистической партии, не мог не иметь далеко идущих последствий. В политическом плане югославские республики больше ничего не связывало.
Под давлением событий в Восточной Европе в конце 1989г. и начала развала республиканских коммунистических партий белградские власти разрешили выборы на многопартийной основе. Еще в период подготовки к последнему съезду СКЮ в Словении, а затем и других республиках стали образовываться новые партии, в подавляющем большинстве на национальной основе. В Словении и Хорватии выборы состоялись в апреле и мае 1990г. В Словении победил блок оппозиционных партий ДЕМОС (Демократическая оппозиция Словении), в Хорватии ХДО (Хорватское демократическое объединение). Выборная программа ХДО включала требования независимости для Хорватии, создание великой Хорватии, включающей и часть Боснии и Герцеговины, сопротивление великосербской гегемонии. Для хорватских сербов никакая автономия не предусматривалась.
Победа национально-ориентированных партий в северо-западных республиках и реальная угроза распада Югославии заставила сербского лидера Милошевича еще больше усилить националистический компонент в своей политике. Он выдвинул тезис о том, что внутренние границы в Югославии не являются государственными, а лишь административными, что в случае распада Югославии все сербы должны остаться жить в одном государстве. Хотя границы внутри Югославии действительно не были этнически обоснованными, такое заявление было чревато гражданской войной.
Летом и осенью 1990г. выборы состоялись в Сербии. Победу одержал Милошевич. Выборы в Боснии и Герцеговине привели сербское руководство к политической изоляции внутри Югославии. В Боснии и Герцеговине победила хрупкая коалиция национальных партий мусульман, хорватов и сербов, с антикоммунистической платформой. В Македонии коалиционное правительство было составлено из национальной македонской партии, считающей себя преемницей ВМОРО, и реформированного бывшего союза коммунистов. Третье место заняла партия, представляющая интересы албанского населения Македонии. И только в маленькой Черногории коммунисты добились довольно убедительной победы.