После выборов и прихода национальных сил к власти в республиках бывшая единая экономика страны распалась на шесть отдельных экономик. В республиканских СМИ начала нагнетаться разнузданная пропагандистская кампания с взаимными упреками.
Послушные Милошевичу СМИ писали, что Сербия со всех сторон окружена врагами. Всемерно раздувался вопрос об угнетенном положении сербов в Хорватии. Последнее отчасти имело место на самом деле. Например, хорватские власти в сербских районах начали замену всех кириллических надписей на латиницу. Контролируемые Туджманом СМИ пытались представить конфликт лишь как спор демократии и необольшевизма, заявляли, что в Хорватии установился якобы самый демократический режим в мире.
В связи с угрозой со стороны великосербской кампании и активизацией армии руководство Словении и Хорватии начали организовывать и контрабандно вооружать нелегальные национальные военные формирования. Одновременно начали вооружаться и сербы в Хорватии, никогда не забывавшие геноцид со стороны хорватов во время существования Независимого государства Хорватии. В первой половине 1991г. в сербских районах Хорватии отмечались уже локальнее вооруженные столкновения между хорватской полицией и гвардией и сербскими ополченцами.
Еще в декабре 1990г. в Словении прошел референдум, на котором подавляющее большинство населения высказалось за полную независимость. Позже за независимость проголосовали и хорваты. В ответ 350 тыс. сербов, населяющих юго-восточную Хорватию, провозгласили на своем референдуме создание автономного образования Краины с центром в Книне. Целью автономии объявлялось присоединение к Сербии в случае распада Югославии.
25 июня 1991г. Словения и Хорватия, согласно итогам референдумов, провозгласили свою независимость от Югославии. Попытка югославской армии взять ситуацию под свой контроль потерпела неудачу. Войска покинули республику, которой уже ничто не мешало проводить полностью самостоятельную политику и добиваться международного признания своей независимости. Иначе произошло в Хорватии, где при наличии значительного сербского меньшинства началась довольно крупномасштабная война между хорватскими международными формированиями и сербскими ополченцами, поддерживаемыми добровольцами из Сербии и регулярными частями просербской Югославской народной армии. Районами военных действий являлись заселенные сербами районы Хорватии. Хорватия стремилась выделиться из Югославии, сохранив в неприкосновенности внутренние границы, или даже захватить с собой хорватские части Боснии и Герцеговины; Сербия – создать, наконец, Великую Сербию. Война в Хорватии унесла жизни около 10 тыс. человек. Однако разрешить проблему сербо-хорватского разграничения военным путем оказалось невозможно.
Война в Хорватии не могла остановить и распад прежней Югославии. 3 сентября 1991г. за полную независимость проголосовало на референдуме население Македонии. Нелегальный референдум в условиях военного положения в крае провели и албанцы в Косово, на котором они также голосовали за полную независимость. В конце 1991г., кроме автономии Краины, о своем отделении от Хорватии заявила образованная незадолго пред этим вторая сербская автономия – Славония, Баранья и Западный Срем. В первые месяцы 1992г., несмотря на это, началась полоса международных признаний независимости Словении и Хорватии. Таким образом, старые внутренние, административные границы превращались в государственные. 29 февраля и 1 марта на референдуме в Боснии и Герцеговине мусульманское католическое население этой республики тоже высказалось за независимость. Референдум бойкотировали сербы (32% всего населения края). Они начали создавать на своей территории автономные образования и выступили за присоединение к Сербии. Наконец, на референдуме 1 марта черногорское население также почти единогласно высказалось за объединение с Сербией.
С начала апреля военные действия из Хорватии переместились на территории Боснии и Герцеговины, что в известной степени было спровоцировано признанием международным сообществом независимости этой бывшей югославской республики. Фактически же это означало признание ее мусульманского руководства и вновь полное игнорирование мнения сербов.