Наряду с укреплением центрального аппарата управления еще раньше началась реформа местных учреждений. Вместо воеводской администрации 1708 - 1715 гг. была введена губернская система управления. Осуществление этой реформы диктовалось необходимостью совершенствования системы административного деления, которое во многом устарело к началу XVIII века. В XVII веке территория Московского государства делилась на уезды — округа, имевшие с городом тесные хозяйственные связи. Во главе уезда стоял воевода, присланный из Москвы. Уезды по своему размеру были чрезвычайно неравномерны — иногда очень крупные, иногда очень маленькие. В 1625 году число уездов составляло 146, помимо которых существовали волости в качестве самоуправляющихся единиц. К XVIII веку отношения между центром и провинцией стали крайне сложными и запутанными, а само управление уездами из центра — крайне громоздким. Петром страна была разделена на 12 губерний, которыми управляли губернаторы. Дальнейшие преобразования местных органов управления привели к созданию сложной и запутанной системы местных учреждений. При этом попытка Петра отделить суд от администрации не имела успеха: судебные дела оставались, как и раньше, в ведении губернаторов. Петру не удалось создать стройную и одновременно рациональную систему местного управления.
Коренным преобразованиям подверглась церковь которая была крупнейшим феодалом России. К концу 17 века церковь все еще сохраняла некоторую политическую самостоятельность, несовместимую с развивающимся абсолютизмом.
25 января 1721 г. Петр утвердил "Духовный регламент". Согласно новому закону была проведена коренная церковная реформа ликвидировавшая автономию церкви и полностью подчинившая ее государству. Патриаршество в России было упразднено, а для управления церковью учрежден Святейший правительственный Синод. В его ведении находились чисто церковные дела, он выполнял еще и функции духовного суда. Для надзора за деятельность Синода Петр назначил из числа близких ему офицеров обер-прокурора. Присутствие Синода состояло из 1 высших церковных иерархов, назначаемых царем, которому они приносили присягу.
Таким образом, Петр I полностью подчинил церковь своей власти.