В 1816 г все части и подразделения внутренней стражи по именному указу императора были сведены в Отдельный корпус внутренней стражи, командиром которого назначается граф Е.Ф. Комаровский, до этого занимавший должности инспектора внутренней стражи - помощника военного министра и личного генерал-адъютанта Александра I (в 1828 г - генерал от инфантерии). В разное время в составе Отдельного корпуса внутренней стражи находилось от 9 до 12 округов внутренней стражи, включавших до 50 гарнизонных батальонов. Командовали корпусом после ушедшего в отставку в 1828 г. Е.Ф. Комаровского генерал от артиллерии П.М. Капцевич, генерал от инфантерии К.П. Рейбниц, генерал-лейтенант А.Л. Тришатный, генерал от инфантерии Н.И. Гартунг и генерал от кавалерии В.ф. фон дер Лауниц. Военным ведомством в 1817 г. вводится этапная система сопровождения арестантов. Для конвоирования осужденных по установленным этапным трактам создаются этапные команды, которые включаются в состав батальонов внутренней стражи. В штате команды были один офицер, два унтер-офицера, один барабанщик, 25 солдат. Каждой команде придавалось по 4 городовых казака. В соответствии с Уставом об этапах команды размещались по трактам через одну станцию. Движение по главному сибирскому тракту осуществлялось от границ Пермской и Тобольской губерний и далее на восток через Тобольск, Тюмень, Томск, Красноярск, Иркутск. Сопровождавшая арестантов команда двигалась по своему этапу два дня с ночлегом на промежуточной станции. На границе этапов происходил обмен партиями осужденных и в течение также двух дней с ночлегом на промежуточной станции команда следовала обратным маршрутом. Протяженность этапов устанавливалась в 16 - 25 верст (1 верста - 1,07 км) Аналогично сибирскому тракту производилось этапирование арестантов и по другим трактам России. В том же году в составе 0тдельного корпуса внутренней стражи формируются жандармские подразделения в обеих столицах, губернских городах и портах, предназначенные для решения военно-полицейских задач методом быстрого реагирования. Жандармские дивизионы, численностью в 334 человека дислоцировались в Санкт-Петербурге, Москве и Варшаве. Жандармские команды численностью в 31 человек находились в 56 городах. С образованием Отдельного корпуса жандармов, подчиненного III отделению Собственной его императорского величества канцелярии, дивизионы и команды некоторое время продолжали находиться в составе Отдельного корпуса внутренней стражи, но в 1836 г были переподчинены Отдельному корпусу жандармов.
В 1818 г при соляных промыслах для несения караульной службы создаются инвалидные команды, которые причисляются к внутренней страже. Всего в составе Отдельного корпуса внутренней стражи было 5 таких команд. Устанавливался общий и частный порядок комплектования внутренней стражи. Общим порядком один раз в год после инспекторских смотров армейских полков все непригодные к строевой службе направлялись по месту их призыва в распоряжение внутренних батальонов. Частным порядком такое откомандирование осуществлялось один раз в месяц после выписки военнослужащих из госпиталей. В свою очередь Отдельный корпус внутренней стражи один раз в год передавал рекрутов гражданским ведомствам для службы полицейскими, пожарными, объездчиками, почтальонами и для охраны банков. В середине 50-х годов XIX в. в Отдельном корпусе внутренней стражи состояло 52 гарнизонных батальона, 2 полубатальона, 564 инвалидных, 296 этапных и 5 соляных команд общей численностью 145 515 чел. Это были наиболее трудные годы в жизни и деятельности внутренней стражи. Она, как и вооруженные силы в целом, нуждалась и коренном реформировании. Крымская война 1853-1856 гг. показала неспособность внутренней стражи в полном объеме выполнять функцию резерва регулярной армии, которая сводилась лишь к формированию дружин ополчения. Остаточный принцип комплектования Отдельного корпуса внутренней стражи привела к тому, что возросло количество офицеров и солдат, имевших низкие деловые и моральные качества, переведенных из регулярные войск в гарнизонные батальоны за личную недисциплинированность. Только за 1857 г. в корпус поступило на службу 16,4 тыс. так называемых «опороченных» нижних чинов. В частях и подразделениях корпуса выросло число преступлений. Командование было вынуждено принимать решительные меры по их искоренению вплоть до переселения более 14 тыс. нижних чинов в Восточную Сибирь. Но меры по оздоровлению корпуса оказались малоэффективными, поскольку принцип его комплектования не изменялся. На состояние дел в корпусе сказался и порожденный войной общероссийский кризис. Увеличение объема и усложнение задач, решаемых войсками внутренней стражи, не обеспечивалось материальной и финансовой поддержкой государства. Перевооружение на новое стрелковое оружие неоправданно затягивалось. Не уделялось должного внимания решению бытовых проблем. Размер жалования был ниже, чем у личного состава регулярных войск. Усилия командования корпуса, направленные на решение стоящих проблем. Военным министерством не поддерживались. Более того, в начале 60-х годов вынашивается идея упразднения Отдельного корпуса внутренней стражи. Она обосновывалась неспособностью государства содержать многочисленную армию и нести большие расходы на воинские формирования, не имевшие боевого назначения. Реорганизация войск внутренней стражи происходила в рамках военной реформы, в ходе которой рекрутский принцип комплектования вооруженных сил был заменен всесословной воинской повинностью, изменена система подготовки офицерских кадров, осуществлено перевооружение армии и флота, введено военно-окружное управление с 1862 по 1867 гг. было образовано 15 военных округов. 6 августа 1864 г. Отдельный корпус внутренней стражи упраздняется, а его функции возлагаются на местные и резервные войска, в состав которых входили крепостные полки, губернские резервные батальоны, уездные, местные и этапные команды, военно-арестантские роты.