Радикализация настроений в обществе коснулась и недавних союзников Д.Саламанки, сааведристов. Их орган «Ла Република» с 1932 г. возглавил П. Сильвети Арсе, человек радикальных левонационалистических взглядов. В июле 1932 г. «Ла Република» дала лозунг всем оппозиционным силам в их отношении к войне в Чако: «В Боливии можно быть либо с роской, либо против неё».
Нарастало недовольство в армии. Во время штурма Нанавы массовым явлением стало дезертирство. В январе 1933 г. у Нанавы восстало несколько соединений, оставивших позиции и требовавших отправки в тыл. В апреле 1934 г. восстали кадеты Военного колледжа. Кадетов удалось уговорить сдать оружие. Однако напряжение в стране усиливалось.
Д.Саламанка не собирался идти на уступки критикам его правительства. В июле 1934 г. он объявил, что очередные президентские выборы состоятся в срок, то есть 11 ноября 1934 г. Либеральная и сааведристская партии бойкотировали выборы в знак протеста против отсутствия элементарных свобод и демократических гарантий. Президентом был избран сторонник Д.Саламанки известный поэт и писатель Франц Тамайо. В этих выборах приняло участие лишь около 20% всех имевших право голоса, что ставило под сомнение легитимность избрания известного литератора президентом страны.
Между тем военная обстановка в Чако складывалась не пользу Боливии. Смена Кундта на Э.Пеньяранду не изменила положения. В сентябре 1933 г. парагвайские войска под руководством генерала Х.Ф.Эстигаррибия начали мощное наступление. Неся огромные потери, главным образом от болезней, отсутствия воды и непривычного для жителей высокогорья климата, боливийская армия от-ступала до предгорий Анд. Сдача фортов на реке Пилкомайо в ноябре 1934 г. была использована Д.Саламанкой как повод для отставки пользовавшегося большим авторитетом в армии Пеньяранды. Недовольство Саламанкой, царившее во всех слоях общества, а также кризис отношений с генералитетом привели к его аресту военными 27 ноября 1934 г. в Вильямонтесе, куда тот прибыл для смещения Пеньяранды.
Главой заговора и инициатором свержения Д.Саламанки был его давний враг, начальник Генштаба полковник Д. Торо. Ключевую роль в перевороте сыграл молодой тридцатилетний майор Херман Буш. Его имя уже было овеяно славой героя войны, а его слово было высшим приказом для солдат и офицеров. Лишь благодаря его поддержке заговор Д. Торо и Э. Пеньяранды удалось осу-ществить, что свидетельствовало о зависимости военного командования от настроений и позиций среднего офицерства, бесспорным лидером которого был Х.Буш. Без содействия Х.Буша переворот был бы невозможен. И командование армией, и Генштаб, то есть Э. Пеньяранда и Д. Торо всё более впадали в зависимость от этого молодого офицера, которому было суждено сыграть ключевую роль в истории Боливии в 30-е годы.
Военные отказались признать права Ф.Тамайо на пост президента, видя в нем слишком легковесную фигуру, неспособную сплотить нацию перед лицом становившейся всё более реальной военной катастрофы. Армия настояла, чтобы президентские полномочия перешли к вице-президенту, либералу Х.Л.Техаде Сорсано. Кроме того, в отличие от презиравшего военных Д.Саламанки, Х.Л.Техада Сорсано заигрывал с ними, восхваляя их подвиги в прессе и в официальных выступлениях.
Тем временем парагвайские войска подошли к предгорьям Анд, к местам нефтедобычи Чарагуа, Камири. Их наступление представляло угрозу Санта-Крусу. Парагвайцы оказались в том же положении, что и боливийцы в начале войны: в незнакомой и враждебной местности, оторванные от тыла и источников снабжения, с растянутыми и слабыми коммуникациями.
Боливийские отряды под командованием Х.Буша успешно применяли тактику партизанской войны. В январе-марте фронт стабилизировался по линии Вильямонтес — Камири — Ньянкораинса. В апреле 1935 г. боливийские войска перешли в контрнаступление, обратили в бегство противника и вновь заняли Санта-Фе и Посо-Бланко. Развить свой успех им не удалось. На фронте было достигнуто тактическое равновесие.
27 мая 1935 г. начались мирные переговоры в Буэнос-Айресе. 14 июня 1935 г. вступил в силу протокол о прекращении огня. Боливия проиграла войну, приведшую к огромным материальным потерям. На фронте погибло 50 тысяч человек, то есть 2% населения страны. Боливия должна была уступить 240 тысяч кв км, т.е. 2/3 спорной территории Северного Чако.
Военная кампания в Чако выявила все недостатки и слабости боливийского государства. Поражение в войне сыграло роль катализатора общественно-политических процессов, свидетельствовавших о глубоком кризисе той модели экономического и государственного устройства страны, которая была сформирована в годы господства либерализма. Если ранее о необходимости реформ и кардинальных преобразований в жизни нации говорили лишь передовые политики и интеллектуалы, то после войны осознание этого проникало в самые широкие слои общества. Инертность и даже преступное равнодушие правящих кругов к судьбе страны, ввергнутой ими в пропасть военной катастрофы, лишали их в глазах общества, права на дальнейшее политическое лидерство. Наступил период возникновения новых политических движений и лидеров, способных предложить альтернативу обанкротившейся системе управления экономикой и обществом. Борьба развернулась вокруг выбора пути дальнейшего развития. Этот поиск характеризовал период, наступивший после окончания войны в Чако.