С первых дней войны был расширен и другой чрезвычайный институт — институт парторгов ЦК ВКП(б), а также парторгов ЦК, компартий союзных республик, крайкомов, обкомов на важнейших предприятиях. На все военные заводы и предприятия оборонной промышленности назначались парторги ЦК ВКП(б), а на более мелкие — парторги ЦК партий союзных республик, крайкомов, обкомов. Парторги являлись одновременно секретарями заводских партийных организаций, осуществляли их непосредственную связь с ЦК партии, местными организациями. Эту систему чрезвычайных органов партийного руководства экономикой дополняли созданные в ноябре 1941 г. политотделы машинно-тракторных станций и совхозов. Благодаря всем этим мерам народное хозяйство нашей страны сумело преодолеть трудности военной перестройки, в целом обеспечило фронт всем необходимым. В то же время параллельное существование наркоматов, местных советских органов и партийных структур управления народным хозяйством порой приводило к ошибкам, к некомпетентным решениям.
Важной частью перестройки было перераспределение партийных сил из тыловых организаций в военные, в результате чего значительное количество коммунистов перешло на военную работу. На руководящую военную работу в действующую армию направлялись видные партийные работники с большим опытом организационной и массово-политической работы. В результате в начальный период войны в армию и на флот было направлено более 500 секретарей ЦК партий союзных республик, краевых, областных комитетов, горкомов, райкомов. Всего же в годы Великой Отечественной войны в Вооруженные Силы было мобилизовано около 14 тысяч руководящих работников.
Одной из главных задач, которую пришлось решать с первых дней войны, был быстрейший перевод народного хозяйства, всей экономики страны на военные рельсы. Основная линия этой перестройки была определена в Директиве ЦК ВКП(б) и СНК СССР от 29 июня 1941 г. Конкретные мероприятия по перестройке народного хозяйства начали осуществляться с первых дней войны. На второй день войны был введен мобилизационный план производства боеприпасов и патронов. А 30 июня ЦК ВКП(б) и СНК СССР утвердили мобилизационный народнохозяйственный план на третий квартал 1941 г. Однако события на фронте развивались столь неудачно для нас, что этот план оказался невыполненным. Учитывая создавшуюся обстановку, 4 июля 1941 г. было принято решение о срочной разработке нового плана развития военного производства. Комиссии во главе с первым заместителем председателя Совнаркома СССР Н. А. Вознесенским поручалось разработать «военно-хозяйственный план обеспечения обороны страны, имея в виду использование ресурсов и предприятий, находящихся на Волге, в Западной Сибири и на Урале». Эта комиссия за две недели разработала новый план на IV квартал 1941 г. и на 1942 г. районам Поволжья, Урала, Западной Сибири, Казахстана и Средней Азии.
Для скорейшего развертывания производственной базы в районах Поволжья, Урала, Западной Сибири, Казахстана и Средней Азии было признано необходимым перевести в эти районы промышленные предприятия Наркомбоеприпасов, Наркомвооружения, Наркомавиапрома и др.
Члены Политбюро, являвшиеся в то же время членами ГКО, осуществляли общее руководство основными отраслями военного хозяйства. Вопросами производства вооружения и боеприпасов занимался Н. А. Вознесенский, самолетов и авиационных моторов — Г. М. Маленков, танков — В. М. Молотов, продовольствия, горючего и вещевого имущества — А. И. Микоян и др. Промышленные наркоматы возглавляли: А. И. Шахурин — авиационной промышленности, Б. Л. Ванников — боеприпасов, И. Ф. Тевосян — черной металлургии, А. И. Ефремов — станкостроительной промышленности, В. В. Вахрушев — угольной, И. И. Седин — нефтяной.
Главным звеном в переходе народного хозяйства на военные рельсы являлась перестройка промышленности. Перевод промышленности на военные рельсы означал радикальную перестройку всего процесса общественного производства, изменение его направленности и пропорций. На военные рельсы переводилось практически все машиностроение. В ноябре 1941 г. Наркомат общего машиностроения был преобразован в Наркомат минометного вооружения. Кроме созданных до войны наркоматов авиационной промышленности, судостроения, вооружения и боеприпасов в начале войны были образованы два наркомата — танковой и минометной промышленности. Благодаря этому все решающие отрасли военной промышленности получали специализированное централизованное управление. Было начато производство реактивных минометов, существовавших до войны лишь в опытных образцах. Их изготовление было организовано на московском заводе «Компрессор». Первой ракетной боевой установке фронтовиками было дано название «Катюша».