Развитие Минска сдерживали частые войны и стихийные бедствия. В 1505 в результате нападения крымского хана Махмет- Гирея город пострадал от пожара и эпидемии. После русско-польской войны 1654—67 в Минске оставалось около 2 тыс. жителей и немногим более 300 домов. Во время Северной войны 1700—21 в июне 1708 шведские войска захватили город и обложили жителей тяжёлой контрибуцией, большие бедствия причинила эпидемия 1710—11.
В результате 2-го раздела Речи Посполитой (1793) центр, часть Белоруссии воссоединена с Россией. Минск стал административным центром Минской губернии. Воссоединение Белоруссии с Россией содействовало ее экономическому и культурному развитию. Создались благоприятные условия для развития Минска. В 1796 в городе было 5,8 тыс. жителей и около 1000 домов, в 1811 — 11,2 тыс. жителей. Управление городом организовано в соответствии с “Жалованной грамотой городам” Российской империи 1785; избиралась городская дума сроком на 3 года, действовал магистрат. Рост города прерван нашествием наполеоновских войск, которые с 8.7 по 16.11.1812 оккупировали Минск. За время оккупации население сократилось и составляло около 3,5 тыс. жителей.
К середине XIX века город превратился крупный торгово-ремесленный центр, создавались предприятия капиталистического типа — кирпичные, суконные, табачные и др. В 1840—50-х годах количество ремесленников по сравнению с началом века увеличилось с 1340 до 2400. Большие земельные владения в городе принадлежали церкви; крупным землевладельцем был архиерей, получавший значительную прибыль от сдачи земли аренду горожанам. Более половины городских улиц были вымощены камнем, 4-ю часть строений составляли каменные дома, в том числе 2-х и 3-этажные. Имелось дворянское 5-классное училище, 2-классная приходная школа, духовное училище, православная и католическая духовные семинарии, публичная библиотека, типография, с 1838 г. издавалась газета "Минские губернские ведомости".
На общественную жизнь Минска в 1-й половине 19 в. оказывали влияние идеи русского освободительного движения. В 1821—22 в городе жили будущие декабристы, в том числе руководитель тайного “Северного общества” Н. М. Муравьёв, написавший здесь 1-й вариант конституции — программного документа общества. Во время восстания 1830—31 в Польше, Белоруссии и Литве Минская губерния была объявлена на военном положении. В период подъёма крестьянского и общественно-политического движения в Белоруссии в Минске в 1846—49 действовало отделение тайной организации “Союз свободных братьев”, которое проводило работу среди учащихся гимназии, дворянского училища, в военном гарнизоне, пропагандировало среди населения идеи свободы, распространяло прокламации с призывом к восстанию. В 1848 за связь с тайной организацией более 60 учащихся минской гимназии наказаны. Демократические слои населения города (ремесленники, мелкие служащие, учащиеся) поддержали восстание 1863—64 в Польше, Белоруссии и Литве. Подготовку и руководство восстанием в городе осуществляла Минская повстанческая организация, были сформированы Минские повстанческие отряды, действовавшие на территории Минской губернии с мая до осени 1863.
Во 2-й половине 19 в. Минск стал капиталистическим городом. С 1860—61 до 1897 его площадь выросла в 10 раз, население — с 27 тыс. до 90,9 тыс. жителей. В 1899 в городе было 200 улиц и переулков, из 6616 домов (1904) 5589 деревянных. Если в 1861 было 32 кустарных предприятия со 137 рабочими, то к 1900 насчитывалось 58 фабрично-заводских предприятий, 2,8 тыс. рабочих, 6 тыс. ремесленников. Однако мелкое и ремесленное производство в 2 раза превосходило фабрично-заводское по стоимости валовой продукции и количеству занятых рабочих. В 1871 через Минск проложены Московско-Брестская железная дорога, в 1873 Либаво-Роменская железная дорога, соединившие его с центром России, Польшей, Прибалтикой и Украиной. Тогда же построены 2 ж.-д. депо, вокзалы и ремонтные мастерские. Сданы в эксплуатацию в 1874 водопровод, в 1890 телефон, в 1892 конка, в 1894 дала ток первая электростанция. Важную роль в развитии экономики города играли Минский коммерческий банк (основан в 1873), отделения Государственного, Азовско-Донского, Петербургско- Азовского (с 1890-х годов) и др. банков. В 1880 в Минске открыто реальное училище, в 1897 в 32 начальных и средних учебных заведениях обучалось 4,1 тыс. чел.: 50,9 % населения оставалось не грамотным. 1900 на 1330 жителей приходился 1 врач. В 1890 открыт городской театр, в 1900 библиотека им. А. С. Пушкина. В 1863 и в 1867—1919 действовало общество минских врачей. В 1886— 1902 издавалась первая легальная общественно-политическая и литературная газета “Минский листок”, в 1902—05 — “Северо-Западный край”.