Заключение Великим княжеством Литовским унии с Польшей и союз с Ливонским орденом изменили расстановку сил. Принятию мира способствовала королева и княгиня Елена Ивановна, дочь Ивана III.4 марта 1503 года в Москву прибыло посольство от Александра. После острых споров были подготовлены "перемирные грамоты" (утверждены 2 апреля), которые провозглашали шестилетнее перемирие между государствами. К Великому княжеству Московскому отошли огромные территории с городами Белая, Брянск, Велиж, Дорогобуж, Гомель, Дроков, Карачев, Любеч, Любуцк, Массальск, Мглин, Мценск, Мезоческ, Неволь, Новгород-Северский, Попова Гора, Почеп, Путивль, Радогощ, Рыльск, Серенек, Стародуб, Серпейск, Трубчевск, Хотим, Чернигов и др.
Столь крупные территориальные потери в войнах с Москвой встревожили литовскую сторону, и она стала стремиться к реваншу. В феврале 1507 года было принято решение виленского сейма о возвращении земель, утраченных в ходе предшествующих войн.
В марте-апреле 1507 года посольство Жигимонта (Сигизмунда) I Старого в Москве в ультимативной форме потребовало вернуть города и земли, завоеванные при Иване III. Московское правительство не приняло требований и заявило о готовности вести войну против Великого княжества Литовского. Уже в апреле 1507 года великий князь Василий III направил конные полки на Псков и Смоленск. Обойдя крепости, русские отряды зашли далеко на территорию Белоруссии. Только тогда из Кракова выехал в Литву король и великий князь Жигимонт, который приказал высшему гетману С.П. Кишке собрать земскую службу возле Минска (около 14 тыс. человек). В июне, когда собралось посполитое рушение, русские воеводы покинули пределы Великого княжества Литовского. Кишка направил войско к Друцку, откуда посылал небольшие отряды воевать на приграничные русские земли.
Вскоре посполитое рушение было распущено. Надежды литовских полководцев на крымских татар не оправдались: те не рискнули нападать на Чернигов и Путивль, как обещали. В октябре - ноябре 1507
года войска воевод Василия III В. Холмского и Я. Захарьина вновь подошли к Среднему Поднепровью. Они осадили города Мстиславль и Кричев, но не смогли их взять из-за упорной обороны. С подходом посполитого рушения московское войско вынуждено было снять осаду и отойти.
Второй этап войны связан с мятежом князей Глинских в Великом княжестве Литовском в январе 1508 года. Возглавлял мятеж бывший приближенный короля Александра Михаил Львович Глинский. Согласно традиции, родоначальник князей Глинских Лекса являлся потомком хана Золотой Орды Мамая и, приняв православную веру, выехал в Великое княжество Литовское, где получил первое родовое имение Глинск (ныне на Украине).
Михаил Глинский, будучи высокообразованным человеком и выдающимся полководцем (в 1506 г. одержал блестящую победу над крымскими татарами под Клецком), выдвинулся при Александре в ряд самых крупных государственных деятелей. Представителям же знати старого литовского происхождения такое возвышение Глинского и его братьев не очень понравилось. Возник острый конфликт, который в 1508 году вылился в открытый мятеж Михаила Глинского и его братьев Ивана и Василия против короля Жигимонта. Собрав около 2 тыс. человек, Глинский овладел Туровом, Мозырем, пытался захватить Слуцк и другие города, однако не был поддержан широкими слоями населения.
Весной 1508 года в лагерь Глинских прибыл представитель Василия III Губа Маклаков, который договорился о совместных военных действиях и о передаче занятых в Белоруссии городов непосредственно Глинскому. Василий III направил войско под командованием В.И. Шемячича на Слуцк, к Глинскому, полки Д. Щени из Великих Лук и Я. Захарьина из Москвы - на Смоленск, а третье войско - на Полоцк. В мае 1508 года объединенные силы Глинского и Шемячича осаждали Минск, делали рейд вплоть до Слонима. В это время возле Лиды собралось посполитое рушение Великого княжества Литовского, а из Польши подходило пятитысячное войско. Объединив силы (общая численность войска достигала 15 - 16 тыс. человек), Жигимонт I поручил командование ими гетману К. Острожскому (убежал из плена в 1507 г). В начале июня при приближении объединенного войска Великого княжества Литовского воевода Шемячич и Глинский оставили Минск и отступили на восток, а в середине июля, также не приняв боя, отступила крупная группировка московского войска, которая держала в осаде Оршу.