Положение главной базы Черноморского флота, совершенно недостаточно защищенной со стороны суши, стало трагичным: слабое Северное укрепление, несколько недостроенных бастионов на Южной стороне, кое-где соединенных оборонительной стенкой, — вот, практически, и всё . Превосходство союзников на море представлялось столь значительным, что, несмотря на наличие мощных приморских фортов, не исключалась попытка прорыва флота противника в Севастопольскую бухту.

Чтобы воспрепятствовать этому, по приказанию А. С. Меншикова в ночь на 11 (23) сентября у входа в Северную бухту между Константиновской и Александровской батареями были затоплены линейные корабли «Уриил», «Три святителя», «Селафаил», «Си-листрия», «Варна», фрегаты «Сизополь» и «Флора». Из команд этих кораблей, разобранного на дрова несколько ранее корабля «Трех иерархов», а также фрегатов «Кулев-чи» и «Коварна» создали 29, 32, 34,42,44-й и 45-й флотские батальоны. Принцип их нумерации остался тот же, что и раньше. Кроме того, из личного состава затопленных фрегатов «Сизополь» и «Флора», входивших в 36-й и 43-й флотские экипажи, сформировали Сизопольско-Флорский батальон. Еще пять морских батальонов укомплектовывались матросами и офицерами десяти оставшихся линейных кораблей: 1-й — из команд кораблей «Ягудиил» и «Храбрый», 2-й — «Чесма» и «Ростислав», 3-й — «Париж» и «Гавриил», 4-й — «Двенадцать апостолов» и «Святослав» и 5-й — «Императрица Мария» и «Великий князь Константин». При этом просуществовавшие полторы недели 34, 36-й и 37-й флотские батальоны расформировали, а их личный состав пошел на укомплектование морских батальонов.

Всего к 13 (25) сентября в сформированных из личного состава флота батальонах насчитывалось 19 штаб-офицеров, 199 обер-офицеров, 10 юнкеров, 15 кондукторов, 648 унтер-офицеров, 219 музыкантов, 8841 матрос и 25 нестроевых. Это на четверть увеличивало поредевшие в сражении на Альме войска А. С. Меншикова, которые после отхода к Севастополю расположились частично в районе Северного укрепления, а частично — южнее города. Однако Меншиков, опасаясь оказаться отрезанным в Севастополе, решил отвести армию к Бахчисараю.

Противник к этому времени уже подошел к Бельбеку, так что решение русского командующего оказалось чревато столкновением с неприятелем на марше. Лишь благодаря скверной организации разведки у союзников и туману противоборствующие стороны не встретились и разошлись в непосредственной близости друг от друга. Коммуникационные линии, связывавшие русскую армию в Крыму с центром России удалось сохранить, но положение Севастополя еще более осложнилось. Гарнизон, включая моряков, насчитывал около 16 тыс. человек, и, учитывая соотношение сил, вполне логичным оказывалось предположение, что противник попытается овладеть Севастополем с ходу.

Положение защитников города осложнялось еще и тем, что единое командование практически отсутствовало. Начальником гарнизона был генерал-лейтенант Ф. Ф. Моллер, командиром порта и военным губернатором — вице-адмирал М. Н. Станюкович, но ни тот, ни другой не оказались способны возглавить оборону. Всю ответственность за ее организацию, как известно, приняли на себя вице-адмиралы В. А. Корнилов и П. С. Нахимов. Казалось наиболее вероятным, что враг нанесет удар по Северной стороне. Ее оборону принял на себя В. А. Корнилов, здесь в первую очередь возводились укрепления, на этом направлении сконцентрировалась основная часть сформированных из моряков батальонов. Оборону Южной стороны, угроза которой, как тогда казалось, была меньшей, возглавил вице-адмирал П. С. Нахимов.